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AA
Aa
aa P2
2pq
q2 P2＋pqF=P2（1…F）＋pF
2pq…2pqF=2pq（1…F）
q2＋pqF=q2（1…F）＋qF
由表12…1可见，近交降低杂合子频率的程度为2pqF，增加每种纯合子的频率的程度为pqF，群体的基因频率不变。
一般情况下，近亲繁殖是根据亲缘关系选配的，而不是按基因型选配的。所以对各性状的基因型，近交的效应是普遍的。近交既能使优良基因纯合，以致固定，也能使有有害基因纯合，从而使隐性有害基因得以暴露，利于淘汰清除。这将通过正确的人工选择得以实现。否则，在动植物育种工作中则有可能使不良基因固定下来，而将优良基因流失掉。
2。 降低群体均值
一个数量性状的基因型值是由两部分组成的，即基因的加性效应值和非加性效应值。非加性效应中除一小部分上位效应在纯合子中也可存在外，显性效应和大部分上位效应只有杂合子才具有。随着群体中杂合子频率的减低，群体的平均非加性效应值也减小，群体值也降低，既然近交能增高纯合子的频率，减低杂合子的频率，因而也就能降低群体均值。
以一对等位基因为例，假定A1、A2组成三种基因型A1A1、A1A2和A2A2。如果以两纯合子的基因型平均值（即各基因型的平均加性效应值）作为0，则各基因值如下图所示：
基因型
基因型值
设A1值大于A2值，则A1A1的基因型值为＋a，A2A2的基因型之…a。A1A2的基因型值为d。d值决定于显性程度，若无显性，d=0；若A1对A2为完全显性，则d=a；若为超显性，则d》a；若是不完全显性，则0