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清初，北疆以伊犁为中心的厄鲁特蒙古，南疆由察合台后裔所立叶尔羌（今莎车）汗国，先后臣服。清朝平定准噶尔部和大小和卓之乱后，于乾隆二十四年（1759）统一新疆全境。乾隆二十七年设总统伊犁等处将军于惠远城（今霍城县南），为新疆最高军政长官。实行军府制，总统各地驻防旗、绿各营官兵，兼理外藩交涉。下辖乌鲁木齐都统、伊犁参赞大臣、塔尔巴哈台（今塔城）参赞大臣、总理回疆事务参赞大臣等。
乌鲁木齐都统，乾隆三十八年由参赞大臣改设，兼辖甘肃省镇迪道（镇西，今新疆巴里坤；迪化，今新疆乌鲁木齐）及其所属各府、厅、州、县，又辖安肃道属之哈密厅。境内多陕西、甘肃等省移居回、汉族屯田户民及商民，以郡县制统治之。
总理回疆事务参赞大臣，乾隆二十四年初设于喀什噶尔（今喀什），三十一年移乌什，五十一年移喀什噶尔。道光十一年（1831）移叶尔羌，辖南疆八城办事、领队大臣。其中：喀什噶尔、英吉沙尔（今新疆英吉沙）、叶尔羌（今新疆莎车）、和阗（今新疆和田），称西四城；呵克苏、乌什、库车、喀喇沙尔（今焉耆），称东四城，合称回疆八城或南八城。民政事务依维吾尔族旧俗，由阿齐木等各级伯克自理。伯克定为三至七品，由参赞大臣奏请朝廷补放。
伊犁参赞大臣，乾隆二十七年设，协助伊犁将军管辖本境军政事务。伊犁为首府之区，驻扎满营、绿营等兵。又自东北、内蒙移锡伯、索伦、察哈尔、厄鲁特四营，携眷驻防耕牧，各设领队大臣等官治理；又移南疆维吾尔族农民屯田，设阿奇木伯克治理，均受参赞大臣统辖。塔尔巴哈台参赞大臣，乾隆三十七年设。初置雅尔（今苏联乌尔扎尔），旋移楚呼楚（今塔城县治），管辖驻防、巡边、屯田诸务。
在蒙古、哈萨克等族牧区，任各部落首领为世袭王公，在蒙古族内更分设盟、旗；赐哈密、吐鲁番维吾尔族首领为世袭郡王。均实行扎萨克制。在布鲁特（今柯尔克孜族）牧区则循旧俗，任部落首领为比。各族王公及比均受制于当地大臣。
咸丰元年（1851），俄国迫使清政府订立《中俄伊犁塔尔巴哈台通商章程》；同治三年（1864）又逼签《中俄勘分西北界约记》。同年，新疆各族人民起义爆发，伊斯兰教头目和封建伯克拥兵称王，形成以库车、乌鲁木齐、伊犁、和阗等城为中心的割据政权，相互攻伐。1865年，浩罕阿古柏入侵，占南疆全部及乌鲁木齐等地（见阿古柏事件）；1870年，俄兵侵占伊犁。光绪二年（1876），清兵出关，收复乌鲁木齐及南疆各地；七年，订立《中俄伊犁条约》，虽收复伊犁，但俄国通过这项不平等条约，仍割去巴尔喀什湖以东、以南五十余万平方公里领土；并在伊犁、塔尔巴哈台、喀什噶尔、乌鲁木齐开设领事馆与贸易圈。二十一年，俄国又违约强占萨雷阔勒岭以西帕米尔。
光绪十年，新疆废旧制而建行省，隶于陕甘总督。首府东移迪化。置镇迪、阿克苏、喀什噶尔、伊塔四道，哈密厅改隶镇迪道。后续经调整添设，至清末共置迪化、伊犁、焉耆、温宿、疏勒、莎车六府，以及八直隶厅、二直隶州、一散厅、一散州、二十一县、二分县。伯克制正式取消，新疆全境行政建制得以统一。保留伊犁将军，辖伊塔边防、兼辖伊塔道，以塔尔巴哈台参赞大臣佐理之。
（纪大椿）
新疆各族
新疆各族
清代生活在新疆地区的维吾尔、柯尔克孜、塔吉克、哈萨克、蒙古、回、汉、满、锡伯、索伦等十多个民族。
生息在新疆的各个民族，按宗教信仰区分，维吾尔、柯尔克孜、哈萨克、塔吉克、回等民族信仰伊斯兰教，蒙古、满、锡伯等民族信奉藏传佛教；按社会经济生活区分，蒙古、哈萨克、柯尔克孜、塔吉克等族以游牧业为主，其他民族以农业为主；按分布地区，维吾尔族主要居住于南疆，柯尔克孜族居于南疆西部，塔吉克族居住于帕米尔高原，蒙古族和哈萨克族主要居住在北疆，锡伯族集居于伊犁，满、回、汉等族散居于天山南北。至于社会性质，则新疆各民族都已陆续进入封建社会，农奴制不同程度地存在于农村和牧区。到了清代晚期，又都遭受帝国主义的侵略压迫，同处于半封建半殖民地社会。
维吾尔族新疆的主体民族。历史上的回纥、回鹘、畏兀儿等都是该民族自称Uighur的不同音译。信仰伊斯兰教。分布在哈密、伊犁及南疆各个绿洲，经济生活以农业为主。17世纪曾建立以叶尔羌（今莎车）为首府的汗国，与明王朝通贡使。顺治三年（1646），叶尔羌汗国向清王朝递表纳贡，后因为汗国内乱等原因，朝贡曾两度中断。在这期间，厄鲁特蒙古四部之一的准噶尔部逐渐强大，于康熙十七年（1678）越天山灭叶尔羌汗国。准噶尔部首领继续扩张攻掠，导致西北地区动乱。清政府决定派兵平定准噶尔游牧贵族的分裂叛乱活动。三十五年，哈密维吾尔族首领额贝都拉首先脱离准噶尔投附清朝。五十九年，吐鲁番维吾尔族首领额敏和卓亦离准附清。他们及其后裔都受到清朝的册封。
乾隆二十年（1755）清军攻至伊犁，被准噶尔胁迁伊犁的南疆各地维吾尔族首领纷纷降附清朝，并奉旨返回南疆招降旧部。二十四年，清政府平定大小和卓之乱，统一新疆。乾隆二十七年，清政府在新疆实行军府制统治。设立伊犁将军，为新疆最高军政首脑；在南疆各城设置参赞大臣和办事大臣。在维吾尔地区的各级大臣只管军政不理民事。民政事务仍由各级伯克自理。同时劳动人民的负担也有所减轻。因此，在清朝统一新疆之后，除乌什维族起义外，在将近一个世纪之内，社会基本安定，生产有所发展。
19世纪中叶以后，新疆各族人民开始遭受帝国主义和封建主义双重的剥削和压迫。在太平天国和陕甘回民起义的影响下，同治三年（1864）掀起了规模空前的武装起义（见新疆各族人民起义），除哈密等地以外，各地农民起义沉重地打击了清政府在新疆的统治以及它所支持的伯克制度。但与此同时，各地伊斯兰教头目也乘机打着“圣战”的旗号，篡夺农民起义的领导权，建立政教合一的地方割据政权，相互争夺地盘和权力，使各地陷入纷争不息的战乱之中。
在反抗外来侵略的斗争中，维吾尔族人民曾经作出过卓越的贡献。19世纪二三十年代曾英勇抗击受到浩罕支持的张格尔（Jihangir）、玉素普（Muhammed Yusup）的连续寇边。60年代人民起义时又驱逐了为非作歹的伊犁、塔城的俄国领事和商人。70年代，维吾尔等各族人民协助和配合清军消灭阿古柏匪帮（见阿古柏事件）。光绪七年（1881）年收回伊犁。但包括维吾尔一些屯田村庄在内的霍尔果斯河以西地区却被沙俄所割占。
光绪十年，新疆建立行省，全境行政体制统一，正式废除了伯克制度。至此，维吾尔农村长期沿续下来的徭役制剥削迅速过渡为徭役地租和实物地租相结合的剥削形式——无偿劳役与对分制。农民获得一定人身自由，有利于生产发展和社会进步。但哈密地区则仍然保留以哈密王为首的领主制度，反对哈密王徭役制剥削的斗争在三十三年重新高涨。1912年爆发武装起义，直到1931年，终于迫使当时的省政府取消王制，改归哈密县管辖。
柯尔克孜族清代文献中沿用厄鲁特蒙古对他们的称呼，称之为“布鲁特”（Bruth）。古史上的坚昆、契骨、黠戛斯、吉利吉思等，都是该民族自称Kergez中的不同汉文译音。
17世纪，柯尔克孜人自叶尼塞河南徙天山，同原先在此游牧的一支相合。柯尔克孜以天山为界分为东西两部，东部牧于伊犁西南，西部牧于喀什噶尔（今喀什）以北、以西，最远与布哈尔（今布哈拉）为邻。信仰伊斯兰教，经济生活以游牧业为主。清政府统一新疆过程中，东西两部先后于乾隆二十三年和二十四年臣属清朝，并派兵配合作战和充当向导。经清政府特准，许多柯尔克孜族头目率众徙居境内，在特穆尔图淖尔（今伊塞克湖）以及吹、塔拉斯（今苏联江布尔）一带游牧，交纳牧税。还参加清军巡查边界的活动。
东部柯尔克孜受伊犁将军兼辖，西部柯尔克孜受喀什噶尔参赞大臣兼辖。清政府对各部落中原有的比（Bi，一译毕，相当于维吾尔族的阿奇木伯克）及阿哈拉克齐（Akhalakhqi，即千户长）等头目，授以三品至七品的品秩，并派放一个比为二品散秩大臣，以统率各部。第一位散秩大臣是乾隆二十四年（1759）派放的希布察克部落的比阿其睦（Xakim），次年又授为阿喇古（今哈拉贡，在喀什以北）的阿奇木伯克。许多头目都按清政府的规定到北京去朝觐皇帝，领受封赏。嘉庆二十年（1815），清政府在处理喀什噶尔孜牙墩（Ziauddin）事件中，无故错杀柯尔克孜世袭二品顶戴比图尔第迈木特（Turdi Mehmut），后来又连续几次对柯尔克孜部落头人处置失当，引起他们的不满，转而多次参与和卓后裔的入寇骚乱活动。道光五年（1825）沙俄侵略势力渗入特木尔图淖尔地区，以后又大肆威逼、煽诱柯尔克孜人脱离清政府加入俄国国籍。同治四年（1865）阿古柏侵入新疆，包括柯尔克孜在内的新疆各族人民为收复家园而奋勇杀敌。当清军收复喀什噶尔时，柯尔克孜各部首领向清军带兵大员郑重表明他们仍属清朝臣民。但是，根据光绪七年（1881）《中俄伊犁条约》及据此所订各界约，特穆尔图淖尔等地广大柯尔克孜牧区都变成俄国土地，留在中国境内的仅有今天克孜勒苏柯尔克孜自治州的一小部分柯尔克孜族人。
塔吉克族 居帕米尔高原，信仰伊斯兰教，经济生活以游牧业为主。17世纪受叶尔羌汗国统治。清政府统一新疆后设色勒库尔回庄（今塔什库尔干），阿奇木伯克为五品，受叶尔羌办事大臣管辖。新疆建省后置蒲犁分防通判厅，隶于喀什噶尔道。
帕米尔古称葱岭，向为中国领土。乾隆二十四年清军战大小和卓于伊什勒库尔诺尔，曾在该湖之北立乾隆御碑一座。立碑之地因而得名“苏满塔什”，意为“有文字的石头”。清朝国力衰落后，浩罕不断侵扰边境，并欲攻取色勒库尔。许多塔吉克人避往叶尔羌一带，弃牧务农。道光十六年秋，浩罕一度侵占色勒库尔，阿奇木伯克库尔察克（Kulchak）阵亡。半年后当地群众和伯克擒拿占领军头目送交叶尔羌办事大臣，驱逐了侵略军。光绪三年冬、四年春，前任阿奇木伯克之子艾里布（Elip）杀阿古柏所立伪官，并诱擒其残部玉努斯江（Yunusjian）送交清军。艾里布因此被授为阿奇木伯克。
根据《中俄伊犁条约》而签订的《中俄续勘喀什噶尔界约》，将帕米尔西部割让给沙俄（见沙俄侵占帕米尔事件）。光绪十七年沙俄军队至伊什勒库尔诺尔，盗走乾隆御碑。二十一年沙俄又在英国默许下，违约侵占萨雷阔勒岭以西中国领土。生活在帕米尔东部的塔吉克、柯尔克孜族青年曾组建“色勒库尔绥远回队”抗击侵略军，保卫家乡。
哈萨克族信仰伊斯兰教，游牧于亚洲中部的哈萨克草原，分大、中、小三“玉兹”（Juz，血缘部落联盟）。清代分别称之为右部、左部和西部，三部均有自己的汗，互不统属。
清军平定准噶尔后，哈萨克左部阿布赉汗（AblaiKhan）于乾隆二十二年率先具表称臣投附清朝，另两部亦相继投清，遣使入觐，接受封赐。清政府准许哈萨克各部赴乌鲁木齐、伊犁、塔尔巴哈台（今塔城）等处贸易，内地的绸缎、茶叶，新疆的粮食、布匹，被用来交换哈萨克的牛马驼羊，有利于经济的繁荣发展。
清政府严禁哈萨克擅入边界游牧。乾隆二十五年曾下令凡入境者一律予以驱逐。然而，水草丰美的牧场吸引着牧民，甚至还有带兵入境游牧者。三十一年，塔塔拜（Tatabai）等十一人请求内附，令居雅尔（今乌尔扎尔）。次年乾隆帝在致阿布赉汗的敕谕中宣布，卡伦以内空闲地方准哈萨克穷民游牧，并定牧税为百分之一。从此以后哈萨克请求内徙者逐渐增多，巴勒喀什池（今巴尔喀什湖）以东、以南的伊犁、塔尔巴哈台，以及斋桑泊等地成了哈萨克的牧地。入境的哈萨克牧民受当地清朝大臣管辖。五十五年，游牧于斋桑泊一带的头目库库岱（Koktai）进京入觐，被册封为公。
哈萨克早已进入封建社会，但仍然保留着完整的民族部落制度，入境的哈萨克也是按部落氏族组织而迁移的。游牧于阿勒泰、塔尔巴哈台的主要是原属于左部的一些部落，如克烈、乃蛮、黑等，游牧于伊犁的主要是原属于右部的一些部落，如杜拉特、乌孙、阿勒班等。
同治三年（1864）的《中俄勘分西北界约记》使中国丧失巴尔喀什湖以东、以南四十四万多平方公里的领土，在这里游牧的哈萨克人大都被划入俄国，少部分被迫内迁，如库库岱公之子阿吉（Haji）即率属南下萨乌尔山。光绪七年（1881）《中俄伊犁条约》签订后，又因割地划界而有大批哈萨克人率部东迁，其中仅迁入博罗塔拉一带的就达三千余户。北疆地区蒙古、哈萨克杂处局面从此形成。
新疆建省后，仿照蒙古族所行的札萨克制（见盟旗制度），在伊犁、塔尔巴哈台、阿勒泰各哈萨克部落中设置王、公、贝子、台吉、乌库尔台、扎楞、藏根等职，统治各部落牧民。同时改行定额租赋，牧民负担较前加重。光绪末年，阿勒泰的哈萨克收民大批逃往镇西（今巴里坤）、木垒、乌鲁木齐与绥来（今玛纳斯）等地山区，有的还逃往青海，大体上形成了今天中国境内哈萨克的分布状况。
蒙古族分布在新疆的为厄鲁特蒙古，信仰藏传佛教，以游牧业为主。清朝建立后，厄鲁特仍遵明代旧制向清朝纳贡，表明自己是中国臣民。
明末清初，准噶尔部开始强大，控制各部，攻掠四邻，建立割据的地方民族政权。清政府历康、雍、乾三朝（1662～1795），平定了准噶尔封建贵族的割据势力，统一了新疆全境。从热河移达什达瓦部厄鲁特、从张家口移察哈尔两营蒙古官兵，携眷驻防并屯牧于昭苏和博罗塔拉，以领队大臣统辖。
17世纪30年代西迁至伏尔加河的土尔扈特部及和硕持部的一部，因不堪沙俄压迫，在台吉渥巴锡（Ubaxi）的率领下，于乾隆三十六年回归祖国。清政府命渥巴锡所部为旧土尔扈特部，牧于喀喇沙尔（今焉耆）、库尔喀喇乌苏（今乌苏）、精河、霍博克萨哩（今和布克赛尔），命舍楞（Shelen）所部为新土尔扈特，牧于阿勒泰山东部；命和硕特部仍随渥巴锡游牧，册封渥巴锡为汗，其余首领均封为亲王、郡王、贝勒等，统率所属各盟、旗，各归当地大臣管辖。
其他各族在统一新疆的过程中，清朝为供应军粮而在哈密等处设置屯田。屯田的兵卒是以汉族为主的绿营兵。统一新疆之后，安置一部分作战兵从事农垦，扩大了绿营屯田，又增调携眷永驻的屯垦部队到新疆。除前述察哈尔兵和厄鲁特兵之外，尚有盛京（今辽宁沈阳）的锡伯兵、黑龙江的索伦兵、凉州（今甘肃武威）和庄浪的满洲兵等，陆续抵达新疆，编旗设佐领，统以领队大臣及总管、副总管等员，在伊犁河南北屯牧、屯垦，由伊犁将军、参赞大臣等管辖。
内地回、汉族人民迁徙新疆的，尚有甘肃等地大量移民及各省发遣新疆携眷人犯，当时称为民屯和犯屯，主要屯垦于天山北麓。清政府在这里置镇迪道，下辖各州县，属甘肃省，而以乌鲁木齐都统兼辖，隶于伊犁将军。建省后，内地各省人民迁居新疆的较前增多。
此外还有来自中亚的乌孜别克、塔塔尔商人，当时笼统地称之为安集延人。他们往来于中亚和新疆，人数不少，散居各处，其中有些人娶妾置产定居于新疆，成为中国新疆境内的民族。
参考书目
新疆社会科学院民族研究所：《新疆简史》，新疆人民出版社，乌鲁木齐，1980。
（纪大椿）
新疆各族人民起义
新疆各族人民起义
清朝同治年间，新疆境内以维吾尔族农民为主体、反对清政府民族压迫和民族内部封建徭役制剥削的武装起义。
18世纪中叶，清政府统一新疆后，对新疆原有的政治制度虽作了一些改革，如废除伯克世袭，确定伯克品级与养廉、禁止宗教头目干预行政、规定各级伯克庄园的土地、农奴和亲随的数量，等等。但官府所需的一切仍通过伯克直接向人民摊派勒索，官员及其家人又任意欺凌和鱼肉人民。19世纪中叶，清政府为偿付帝国主义勒索的巨额赔款及筹措镇压太平天国的军费，每年由各省拨解新疆的二三百万两协饷逐渐缩减，不久终于断绝。官吏、伯克因此加紧对各族人民的勒索和漫无止境的征发差徭，使各族人民被迫起来反抗。
反抗民族压迫和反抗徭役制剥削同时并举，是清代新疆各族农民起义的基本特征。从道光二十五年（1845）到同治二年（1863），喀什噶尔（今喀什市）、叶尔羌（今莎车）、库车、和田的维吾尔族农民，奇台的回、汉族农民和伊犁的回民，先后掀起十多次暴动。
太平天国起义推动新疆各地农民的反清斗争。同治三年，起义首先爆发于库车。五月初三，起义者攻入城内，办事大臣萨灵阿、阿奇木伯克库尔班（Kurban）、郡王爱玛特（Ahmed wang…bek）等均被杀死。此后，农民起义烽火迅即燃遍天山南北。参加起义的不仅有维吾尔、回族人民，还有汉、满、哈萨克和柯尔克孜等族劳动人民。五年正月，起义军攻克惠远城（即伊犁），伊犁将军明绪自尽。至此，清政府在新疆的政令仅及于哈密、巴里坤和沿额尔齐斯河一带。
北疆各地的农民起义还抗击了沙俄侵略者。伊犁、塔城起义者赶走俄国领事和商人，中止了俄国的掠夺性贸易；布伦托海起义者击退了侵入�