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1864年3月，他被俘快满一年，查尔顿被转移到特拉华堡，那是一个正规的军事监狱。约翰·亨特·摩尔根1864年9月4日在田纳西州格林维尔战死的消息传来时，他仍是一个战俘。一直到翌年2月，也就是他被囚近两年时，查尔顿才获释。那时，他妹夫巴兹尔·杜克继约翰任司令，驻军弗吉尼亚，当查尔顿赶到弗吉尼亚时，南军统帅李将军已在阿波马托克斯向北军投降。于是大家只好各自回家。
1865年12月7比查尔顿同埃伦·基·霍华德（家里人叫她内利）在巴尔的摩的以马内利圣公会教堂举行婚礼，当地几百名社会名流出席了结婚仪式。埃伦·基·霍华德是《星条旗歌》作者弗朗西斯·斯科特·基的外孙女；她祖父约翰·伊格·霍华德是美国独立战争中的英雄，1788…1791年任马里兰州州长。人们谈到埃伦，常说她“像报春花一样美丽”。更为重要的是，她是南方忠贞不渝的女儿。她对查尔顿的爱情，由于他为南军遭受了牺牲而更加深挚。他们共同的忠于南方的信念一直是维系他们婚姻的重要纽带。新婚夫妇回到霍普蒙特。由于战争中帮助南军的人曾被剥夺公民权和财产权，列克星敦摩尔根家族的家业开始败落。肯塔基大麻业萧条，而摩尔根兄弟没有及时转向经营烟草。约翰·亨特·摩尔根死后，由老二卡尔文主持留下来的大麻经销公司。一大家人挤在摩尔根老太太这幢邸宅里：卡尔文的妻子、卡尔文的岳母（从弗吉尼亚久经战乱的城市里士满来的难民）、理查德·柯德（他母亲的专职保镖，在她死后很久才结婚）、弗爵西斯·基（被这一家宠坏了的孩子，退役军人，二十岁时还蹲过北军的牢房）——现在又加上查尔顿和内利。他们到达列克星敦时，内利已有身孕。
这孩子1866年9月25日出生在霍普蒙特。查尔顿只希望孩子长大成人能够“勇敢而高尚，不致辱没了他的名字”。他在给约翰·亨特·摩尔根的遗孀的信中说，他“本来想用大伯的名字给孩子取名为约翰，但又想到将军的英名将会百世留芳，而汤姆牺牲时：地位卑微，史书上不会有他的位置，所以给孩子取名为托马斯。”
就这样，在这个人口众多、富有传奇色彩的大邸宅里，未来的科学家、诺贝尔奖获得者托马斯·亨特·摩尔根出世了。他最初几岁就是在这里度过的。这时，他的祖母给查尔顿、内利和这个孩子准备了一份小礼物：在紧靠霍普蒙特后面的百老汇街上（现在的北百老汇街210号）建一座房子。房屋的修建由查尔顿监管，他妈妈出钱并保留所有权。汤姆四岁时，妈妈生了个小弟弟，取名查尔顿；七岁时又添了个小妹妹，埃伦，基·霍华德·摩尔根。于是，一家满员了。摩尔根一家每年夏天必定去马里兰州霍华德家探亲。由于查尔顿拼死拼活想要在华盛顿谋个职务，平时也经常在霍华德家进进出出。双方都是值得骄做的家族，尽管他们的大部分财产早已损失殆尽，但仍保持着南方贵族的习惯和风度。女人们笃信宗教，至少是忠于各自的圣公会——摩尔根家的女人是列克星敦的基督会的忠实信徒，霍华德家的女人忠于巴尔的摩的以马内利圣公会。顺便谈一段轶事，小汤姆的叔叔，勇敢得近乎鲁莽的托马斯·亨特。摩尔根生前去参加一个浸礼会，教堂却根据记录本说他家里没有一个人是基督徒。但这一定只代表他们对圣公会的看法，而不表示他们对摩尔根一家有成见。
查尔顿和内利把大部分精力花在事业上，但结果总不成功。查尔顿不论如何卖劲，如何运用家族的影响，他在宦途上还是越来越不走运，于是他用越来越多的时间同老战友通信，协助组织摩尔根袭击队员重聚联欢。成百上千的老兵参加了这类活动，甚至到2O世纪还继续进行。第一次联欢时，汤姆·摩尔根才一岁半，这次是把约翰·亨特·摩尔根将军和托马斯·亨特·摩尔根少尉的遗体从原来安葬的地方迁回列克星敦。在汤姆上大学二年级那年还有一次戏剧性的仪式。以查尔顿为主要组织者的几百名原南军将士骑着大马浩洁荡荡列队进城安营扎寨。将军唯一活着的孩子，一个名叫约翰尼的遗腹女儿（当时十九岁）检阅了他们的队伍，并被授予以他父亲的名义赠送的礼物。第三次为他大伯父举行的纪念活动（也是他父亲组织的最后一次）汤姆没回家。当时他已四十几岁，正开始从事导致他获诺贝尔奖的研究工作。，正值当侄子的在纽约一个实验室拿着柄放大镜观察果蝇的时候，列克星敦大多数居民都涌上街头去观看南军雷神骑着战马的大型塑像的揭幕典礼。这一尊塑像至今仍然屹立在梅因大街上法院的门前。
在汤姆的童年和少年时期，约翰·亨特·摩尔根的名字不断在他耳边回响。他午后放学回家时，经常碰见一个老兵在门口等着要见查尔顿上尉和内利小姐。他们两人都极乐意帮助从前甫军的将士和他们的家属。不但有由政府出资举办的纪念他怕父的活动，出版歌颂他伯父的歌曲和书籍，而且，那数以千计的自称曾经一度同摩尔根一道驰骋疆场的人中，不论谁有什么周年纪念日或去世，总又会有新的回忆录和故事出版，记述摩尔根袭击队员的功勋。后来，摩尔根的部下所剩不多了，那么，即使是自称曾给摩尔根的战马钉过蹄铁的人去世也够条件。摩尔根究竟是南军真正的英雄，还是北军的手下败将，或者简直是个无赖——这一笔长期纠缠不清的细帐，就渐渐无人争辩了。当然，摩尔根家族对此是十分敏感的。
然而，尽管他父母是那么看重这一段往事，托马斯·亨特·摩尔根一经开始了自己的工作，就没为此占用一点时间。甚至在年纪还小的时候，他就觉得这类事没有多大意义。他很小就有了自己的兴趣和爱好，不管是摩尔根这一家或是霍华德那一家，谁都不像他。他无论在哪里，样子总是不振作，大家觉得他有点像个书呆子。他有一个捕蝴蝶的网。他还组织列克星敦的伙伴和巴尔的摩的表兄弟去列克星敦郊外或霍华德家在马里兰州奥克兰的夏季别墅附近的山里去采集标本。他的技术欠佳。有一次，正当他和堂兄约翰·亨特·摩尔根动手解剖一只猫时，这家伙一下子苏醒过来，怒吼着跳下桌子逃跑了。汤姆十岁那年，他分得了百老汇街那幢房屋顶楼上的两间屋子。他自己动手油漆墙壁，贴上糊墙纸，在里面摆上他收集的标本，有剥制过的鸟，有鸟蛋、蝴蝶、化石、矿石，还有从野外捡来的各种各样的东西。这两间屋子属他专有，家里的人谁都不去动里面的东西。听说，在摩尔根家三个孩子中的最小的一个（汤姆的妹妹内利）1956年去世时，这些东西仍然完好无损。内利一生一直住在这幢房屋里。亨特、摩尔根、基、霍华德四个家系常自诩出过富商，出过外交官，出过律师，出过军人，但在他们精心保存的族谱中却没有一个科学家。用今天的遗传学术语来说（摩尔根同其他人一道创造了这个词儿），他也许是个“突变”。
1880年，汤姆满十四岁后一星期，被录取进了设在列克星敦的新建的肯塔基州立学院预科学习。当时肯塔基州布卢格拉斯地厦正进行教育体制改革，院系调整频繁，这所学校的兴建是一系列重组、合并、分立的一项最新措施。虽然这个学院后来站稳了脚跟，井进一步发展成现在的肯塔基大学，但汤姆入学时，正是它最混乱的岁月。
当这所学院两年前从肯塔基大学中分出来时，失去了它所有的财产和校舍。1880年，234名学生和17名教职员大部分挤在一幢临时租用的座落在现今伍德兰公园的楼里。从地下室到顶楼，每间屋都住满了人。离城四分之三英里的地方，从共济会手中又租来了三间房，商业系、化学系和教育系设在其中。列克星敦把过去集市那块地皮捐赠给学院，正在修一幢行政大楼，但两年后汤姆进入大学本科一年级时，校舍仍然极为紧缺。
学校只收男生。他们这伙人行为粗鲁，常常吵吵闹闹，使当地的市民和爱看报的公众既喜欢，又讨厌。学校生活制度极严，所有的学生，包括摩尔根在内，全是军官候补生，必须穿价值二十美元一套的军装（学费才十五美元），每天军训一小时，每星期五天。五点半起床号响了，这是一天的开始，晚上十点的熄灯号才结束一天的活动。白天，军号声把学生赶进课堂、教堂、自习室和饭厅。除此之外，校方还精心制定了189条校规，而且授予教职员一项权利（实则为义务），再多想出几条。全体学生每个星期天至少必须作一次礼拜。学生不得携带枪支或猎刀（不过很多学生不理会这上条）。除了教科书以外，学生必须要有校长特许才能把其它书籍或报纸带进校舍，难怪摩尔根被记过几次过，主要是因为作礼拜迟到，或是在教室和大厅里不守秩序。
理科课程开设不多。普通生（以别于商科生和师范生）可以在经典学科和理科间自行选择。摩尔根选了后者。理科学生主修课程有数学、物理与天文、化学、农业与园艺、兽医学、历史与政治经济学、心理与伦理学、拉丁文（另加法文或德文）、应用力学、英文、工程学、庭园设计与美化，等等。
但对于摩尔根，所有课程的核心部分是贯通四年的博物学，授课教师是A·R·克兰德尔教授。他身材细长，下巴上蓄着一撮尖尖的胡须，原来一直搞联邦的地质调查工作，现在一面在肯塔基讲授博物学全部课程和另外许多门理科的课程，一面完成他的博士论文。他是一个极为出色的博物学家。汤姆喜欢他，后来曾说过他从未见过比克兰德尔“更好的人或更出色的教师”。像美国大多数大学一样，当时的博物学主要是指系统植物学，特别侧重于比较和分类，动物学也基本如此，只是更简略一些，在博物学这一范围内还包括一门保健和人体生理学，也讲一点地质学和地理学，主要是因为这些课程与煤矿有关。当时肯塔基已开始筹建农业试验站，所以也特别重视农业方面的课程：栽培与繁殖，生长的规律，森林与农业的关系等。
由于克兰德尔的影响，汤姆每年暑假都参加马里兰州和肯塔基州的联邦地质调查。野外找矿的工作又热又脏，接下来是单调乏味的化学分析。他明确了自己不是当地质工作者的材料。这段经历为今后的生活提供了很好的借鉴，他用优美的肯塔基文体写道：十六岁的一年级大学生摩尔根走进深山里的一家乡村小店，站在一个大肚小火炉面前，满腹猜疑的山民们目不转睛地打量着他。其中一人发现他佩带着一枚胸章，于是大伙儿就议论开了。就他们所知，佩有政府胸章的必是税务官无疑，而税务官又总是爱撒谎说他们从老远跑到深山里来只是为了寻找煤炭这种不值钱的东西。汤姆请在座的一位拉小提琴的人吹起水手的号角，他自己跳起复杂的快步舞，这样才打破了紧张局面，说明他确非税务官员，位店里的气氛由敌对转为友好。“凡是克兰德尔没教的理科课程，汤姆都是在罗伯特·彼得博士门下学的。他是原来的特兰西瓦尼亚大学医疗系前系主任。这个年事已高的博士是个非凡的人物——他是医生、历史学家、出色的植物学家，又是肯塔基州地质调查最早的组织者，是俄亥俄河流域的科学先驱。然而，这一切毕竟已是好久以前的事了。
摩尔根后来常常宽厚地提起肯塔基州立学院。他承认当时的条件的确简陋，但“为我们打下了坚实的基础”，“聘用的教师之出色令人惊叹”。但摩尔根在校的那几年里，这批出色的教师们的观点却有很大分歧。彼得博士反对任用另一名教师以加强薄弱的化学、动物学、植物学和兽医学等课程。学院院长詹姆斯·帕特森却认为彼得博士没跟上化学的发展，在课堂上讲的都是五十年前的旧货。他甚至在公开的场合说出这种看法。他说，事情还不只如此，彼得博士已半聋半瞎，无法控制学生，以至课堂上总是乱作一团。这场争执是摩尔根在校时发生的，1887年他毕业之前才算了结。结果彼得以晋升“荣誉教授”为名受到排斥。他可以保住自己的实验室，但不得再上讲台。
汤姆毕业后第二年，克兰德尔教授泄露了他对该校理科教学的安排是否成功所抱的怀疑。不幸的是他说这种知心话找错了对象，这位朋友是报社的记者，邻近一个小镇温切斯特一家报纸报道说学校管理不善，理学系尤其糟糕。1889…1890年度州立法机构开会调查，克兰德尔和帕特森在会上互相攻击，语言尖刻。克兰德尔坚持说帕特森院长完全忽视了理科，而帕特森反驳说他井没有忽视，只有克兰德尔这种“半瓶醋的新英格兰佬”才会提出这样的责难。帕特森虽然勉强承认了克兰德尔在教学上有一些优点，但总的来说，他觉得理学系要是没有克兰德尔反倒会办得更好些。
除了开设课程门类不多以及理科教员与学院行政领导之间的摩擦外，摩尔根在大学里还有他自身的难题。作为南军雷神的亲侄子，如果碰到的老师和同学是同情南军的，这当然是好事；如果他们不是南军的同情者，事情就不好办。就拿汤姆的法文老师来说吧，他在北军里当过兵，曾在摩尔根袭击队的逼迫下骑着骡子从辛辛那提后退了九十英里路到列克星敦。据说，由于怀着对汤姆伯父的宿怨，他差点给汤姆打个不及格。
对于约翰·亨特·摩尔根，彼得博士也有一些不愉快的回忆。约翰曾在特兰西瓦尼亚大学念书，当时彼得是那儿的教员。约翰·亨特精力过于旺盛，喜欢冒险，无法再读下去。但这个退学生对于自己从前的老师总是十分尊敬。可惜内战开始后彼得成了一名坚定的联邦主义者，挥起军刀对南军袭击队毫不留情。又由于彼得博士是列克星敦联邦军医院的外科主治大夫，每次南军临时攻占了这个城市的时候，摩尔根将军就认为必须把彼得博士拘留起来。不过，彼得博士还是喜欢汤姆，他是他儿子的好朋友。有一回，他让两个孩子一起做甜菜选种实验——当时这被看作属于化学或栽培研究，现在应归入遗传学的范围。
托马斯·亨特·摩尔根获得了肯塔基州立学院1886年授予的唯一的理学士学位。教员们以五票赞成、四票反对选定他为毕业生代表，在毕业典礼上致告别词。威廉·普鲁伊特获得另外四票，也在台上宣读致敬信。罗伯特·普鲁伊特也是1886届毕业生。
一个获得理学士学位的人能在列克星敦做什么？摩尔根心中无数。他有一次说，他之所以进入研究生院是因为不愿经商，但又不知道另外有什么事可干。在另一场合他又说，他之所以到约翰斯·霍普金斯大学是因为有位原肯塔基州立学院的理科学生约瑟夫·卡斯尔两年前到了霍普金斯。加之，巴尔的摩是他母亲的老家，霍华德一家（包括他母亲在内）当然觉得在巴尔的摩找所学校读书是很合适的。“但那时我的确不太明白，”摩尔根接着说，“他们对于在他们中间正出现一所了不起的大学几乎一无所知。我觉得，对于那座欢乐的城市中绝大多数旧式家庭，这是很有代表性的。”不过这也无关紧要。无论摩尔根当时已基本上意识到这点，或纯粹是由于幸运，霍普金斯大学对于一个学生物学的学生的确是个再好不过的地方。_
第二章 霍普金斯大学
世界的未来掌握在有能力把对自然界的解释比前人更向前推进一步的人们手中；……大学最重要的作用在于发现这样的人，爱护这样的人，充分发挥他们的能力。
托马斯·亨利·赫胥黎：在约翰斯·霍普金斯大学成立大会上的讲话
在等待霍普金斯大学1886年秋季开学的时候，十九岁的汤姆·摩尔根在位于马萨诸塞州伊普斯维湾小港的暑期学校开始了海洋生物学的学习。教学方法是个别指导，每周收费一美元，教学目的是培养班上十三名男生和十三名女生对教学工作或研究工作的兴趣。由于设在阿尼科姆的这所暑期学校翌年将成为设在伍兹霍尔的海洋生物实验室的核心，又由于海洋生物实验室同霍普金斯生物系的教师有协作关系，摩尔根到阿尼科姆去很可能是为了掌握他未来的生物学研究生学习阶段所必需的基本实验操作技术。他觉得这段工作收获很大，也十分有趣；他写信回肯塔基，说他总是庆幸自己转到了那里，而未再去搞地质调查。
不管摩尔根对霍普金斯大学抱有什么希望，他都该庆幸自己选择了这所学校，1886年该校已有十年历史，学术上的各种活动已走上正轨，在欧美教育界享有盛名。它处处都显得不同于肯塔基州立学院，也不同于美国大多数院校。
霍普金斯大学得到私人大量捐助，所以它不同于一般照联邦莫里尔法案接受国家拨地的院校，对教会的各种派别、州和地方政府的政策，对于一些艰涩课程的设置，一概不承担任何义务，也不受其制约。霍普金斯大学尤其有一位富于想象力的校长——丹尼尔·科伊特·吉尔曼，有一个信奉霍普金斯校训的理事会。这条校训是：真理使你成为自由人。所以，霍普金斯大学正式宣告成立那天晚上，它所属各学院已经解决好有关与达尔文的进化论的冲突。而其它许多大学四十年后还要面临这个问题。霍普金斯大学之所以及早处理了这一争论倒是有些偶然。英国生物学界的泰斗托马斯·赫胥黎曾应邀前未在成立大会上讲话。赫胥黎是著名的达尔文进化论的支持者，他自称是“达尔文的猛犬”。当时，在许多人看来，这个来霍普金斯讲教育问题的温文尔雅的（而且也不是不信教的）科学家，就普通的生物学而论，凡是唯物主义的东西，凡是非宗教的东西，凡是有威胁的东西，他统统都赞成。再说大学的理事会，虽然委员们全是虔诚的教徒，但他们一致决定，每次上课前做祈祷是不恰当的，于是取消了这一仪式。有一个神父这样写道：“请赫胥黎来是大错特错，邀请上帝出席成立大会会好得多。如果把他们一起请来，那是荒谬绝伦的。”待到摩尔根来到巴尔的摩的时候，建校之初进化论与神创论的激烈斗争早已被人遗忘。带有浓厚达尔文主义倾向的