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证会结束不到一个月，肯尼迪在争夺白宫的竞选中得胜，美国政治即将步入新的方向。对鲍林举行的听证会实际上成了以反共名义对持不同政见人士政治迫害的最后一次尝试。
鲍林的坚定立场使他成了和平运动中赫赫有名的伟大英雄。在与参议院国内安全小组委员会发生的那次冲撞以后两个星期，健全核政策全国委员会在纽约组织了一次集会，这次集会在后来自发地演变为对鲍林的一次表彰会。听说鲍林要到会讲话，一下子就有两千多人挤进了宾馆游艇俱乐部舞厅，还有几百个人挤在附近几个房间里通过扩音机收听他的演说。另外有好几百人经过劝阻才悻悻离去。大家都想亲眼看一看这位打败了参议院国内安全小组委员会的人。为了支持鲍林敢于在国会抗争的精神，当地有成千上万名大学生在一份请愿书上签了名。当鲍林接过这份请愿书时，与会者热烈鼓掌。他们认真地听取了鲍林讲述与小组委员会斗争的亲身经历。鲍林呼吁永远结束战争，恢复人的权利，赢得全场听众的欢呼和喝彩。他从自己的经历中学到了一些东西。‘净取和平的斗争，“他对听众说，”离不开争取自由的斗争。“
与参议院国内安全小组委员会的斗争取得了胜利。从此开始，鲍林可以偃旗息鼓，马放南山，将这一段经历抛在脑后了。但是，他做不到这一点。经受挨人质询的煎熬时刻，面对处心积虑毁谤他名声的卑劣伎俩，他的人格受到了莫大的侮辱。鲍林怒气难消，认为这一切是麦卡锡主义的死灰复燃。他不仅没有拂袖而去，正好相反，他比过去更加精神抖擞。他连续不断地到处游说，频频在电视里抛头露面，攻击托德，口口声声责备参议院国内安全小组委员会和众议院非美活动调查委员会“不讲道德”，责骂那位参议员是“一个混蛋”。
“据我所知，我们美国只有几千名共产党员，而在法国和意大利却有好几百万，”在托德召开的听证会后不久鲍林这样写道。“我实在弄不懂美国人民怎么会受到几千名共产党人的危害。共产党人对我们的人权和自由可能会成为一种危胁，对此我们应当清醒，情况严重时，我们还得保持警惕……（但是）反共的压制力量目前处在有权有势的地位，因而更加是一种威胁——他们现在就在剥夺我们的正当权利。”此时，鲍林分出了一部分时间致力于取消这一类调查委员会的活动，下定决心与这些即将寿终正寝的宿敌周旋到底。
然而，托德反扑过来了。虽然鲍林成功地推迟了上次参议院听证会报告的发表——1961年初，有人一直在争论要不要在这份报告里列入托德没有宣读的那部分开场白和其他有关的材料——以托德为首的小组委员会还是发表了另外一份单独的报告，其内容涉及到普格瓦什运动，简要介绍了一些运动参加者的可疑背景，其中就有九页多的篇幅专门介绍鲍林“明显地倾向于共产主义事业的情况……自然与共产党人所持观点保持一致，而这一切都与科学研究活动毫不相干”。原先那份小组委员会的报告后来发表于1961年3月，其中包括了托德开场白声明的全文。随同此文刊登的还有小组委员会的一则新闻公告，其中提到，“我们有理由怀疑，在美国和其他国家散发（鲍林的）请愿书的过程中，共产党的组织机构发挥了重要的作用。”文中提供的证据主要是鲍林与左派交往的历史。“在我国共产党人展开的和平攻势中，鲍林几乎在每一次重大的活动中都充当了科学界领头羊的角色，”这份报告得出结论说，有一系列迹象表明，这一切“并不全是偶然或者在他不自觉的情况下发生的”。他唯恐鲍林的同行弄不明白其中的含意，托德还主动向国家科学院院士和其他著名科学家提供了这份报告的副本。
“造谣……中伤……这是我所见到过的最为恶劣的诽谤，”威林在读了这份报告以后对鲍林说道。鲍林完全同意这一看法。第二天，他致函美国人道主义协会，猛烈抨击托德的做法，责问他或者小组委员会的其他成员，敢不敢放弃国会议员的辖免权，以便让鲍林控告他们。鲍林在早些时候还曾说过，他可以与托德进行公开的辩论。
鲍林的反应也延伸到了那些跟着托德亦步亦趋的人和事，其中包括紧跟在小组委员会后摇唇鼓舌的报刊文章，还有那些鲍林认为是诋毁自己人格的谈话声明。“有些报纸成了麦卡锡主义卷土重来的帮凶，”他说。“这些报纸应当停办。”为此，他又单枪匹马地展开了战斗。在下一年里，他和自己的律师们先后提出了五起法律诉讼。他要求华盛顿贝林汉姆的《先驱报》赔偿6万美元，因为该报登载了一些致编辑部的信，对鲍林的爱国主义表示怀疑；要求宾夕法尼亚州约克群反共联盟赔偿10万美元，因为该组织根据参议院国内安全小组委员会的报告出版了一本小册子；圣路易斯《全球民主》杂志发表了一篇反对鲍林的社论，鲍林要求赔偿叨万美元；纽约《每日新闻》称鲍林是亲共“半公开的美国喉舌”，他又要求赔偿50万美元；他还要求赫斯特报业集团和国王报刊辛迪加赔偿100万美元，因为右翼专栏作家、一直与鲍林作对的老冤家富尔顿·小刘易斯写了一篇攻击他的文章。
与参议院国内安全小组委员会发生的纠葛，再加上其他方面一些不顺心的事，其中也包括那次悬崖遇险的经历，鲍林的身体日益消瘦。以前，他对一些批评意见通常采取不予理睬的态度，如今，无论批评来自右派还是左派，他都变得非常敏感。在参议院听证会后的两年时间里，他就得罪了不少以前在和平事业中的盟友。他辞去了健全核政策全国委员会发起人的头衔，不再搭理创始人诺曼·库辛斯，认为他向托德屈服了。他认真地考虑了是否要向《原子科学家学报》起诉，要求赔偿100万美元。鲍林曾一度通过爱因斯坦的原子科学家紧急委员会帮助过这家杂志，但是，这家杂志却刊登了一篇文章，在这篇文章中，有名的反对核武器积极分子本特利·格拉斯将他与特勒混为一谈，认为这两个科学家在解释核试验数据时都心怀鬼胎，染上了各自的政治色彩。这家杂志的编辑部工作人员花费了好几周时间劝说鲍林取消这次诉讼。在此之后的许多年里，鲍林与这家学报和它的编辑欧仁·罗比诺维奇再也没有多少联系了。由于普格瓦什会议的组织者坚持邀请格拉斯、罗比诺维奇等他不赞成的人与会，他也和会议组织者闹翻了；他感到，普格瓦什的讨论会已经由超越政治自由公开地表达新思想的讲坛，沦为只会鹦鹉学舌重申官方政府路线的场所。
促使他敏感性发生改变的另一因素可能就是爱娃·海伦。在意识形态上，爱娃向来比丈夫更左。她个人认为，那些基于宗教信仰的老式和平团体是“反动的”，而像健全核政策全国委员会那样的新组织也好不到哪里去。这些组织都不愿意将反对核试验的活动置于批判资本主义社会的基础上。她想，如果你不去变革酝育战争的经济制度，怎么能够消灭战争呢？此时，鲍林在批评美国社会时，用词也就更加尖锐了。资本主义是一种因素，还得加上国防工业和华盛顿当局之间的肮脏交易。为什么有人对禁止核试验持反对态度呢？“毫无疑问，赚取冷战利润是一重要动机，”他注意到了这一点。
在鲍林的心目中，一个受过教育的人，特别是身为科学家，从战争和人们的苦难中获取不义之财，世界上再也没有比这种人更加卑鄙的了。他从一家新闻刊物上学到了一个新的用语，并且开始运用到自己的演讲中，就是“学界富豪”。大约有一百名左右的科学家，利用了自己的研究才能，在国防工业上为自己聚敛财富。在鲍林眼里，这些学界富豪如同特勒一样，卖身求荣，他们的出现乃是一度曾是高尚的行业开始腐败和堕落的象征。
但是，能够这么居高临下地观察问题的，除了他本人以外，就只有爱娃、罗素和少数几位积极活动的朋友了。看来，在反对核武器的纯洁事业中，谁也没有达到他们的境界。
鲍林仍然享有崇高的威望——举例来说，1960年，理性主义学会将他提名为那一年度的理性主义者；《时代》周刊将他作为封面人物刊登在1961年1月号上，鲍林成了被评为“年度人物”的科学家之——但是，作为和平运动的领导者来说，与其说他是一位英雄，还不如说他已经成了一门比较自由的大炮，一位受人欢迎的发言人，一个用来抗衡特勒的砝码，同时也是一个不可捉摸、爱闹独立、越来越喜欢与人争吵。离左派核心越远就越感到舒服的人。
肯尼迪，奥斯陆，脑冰
美国新总统也没有逃过鲍林锐利的眼睛。长期以来，鲍林一直是斯蒂文森的支持者，而对来自马萨诸塞州的这位闯劲十足的年轻参议员，他始终保持不温不火的态度。1960年，就有一些人私下议论，要将鲍林推选为诺贝尔和平奖候选人（在斯坦福大学生的一次模拟投票中，从3000名自填候选人的选票中，他得了152票），但他认为这是一个玩笑而已。他对支持者说——其中有些人后来提议他参加洛杉矶市参议员或市长的竞选——他不是政客。
为了推动长期停滞不前的日内瓦谈判，肯尼迪至少算是适当地表达了自己的情感。他上任后不久，就成立了美国军务控制和裁军局。“我本人高度评价我国新总统实现裁军的愿望，”鲍林在总统竞选后不久写道。肯尼迪也很有气度，他邀请鲍林和166名“有创造性贡献的美国人”参加1961年初在华盛顿举行的总统就职典礼。鲍林因另有约会未能参加，但他还是颇有感触，这毕竟是一种新的姿态，12年了，他一直受到白宫的白眼。他送去了请柬的回复，同时还附上了个人的一张便条：“我很高兴能加入欢迎和祝贺您当选的行列，您是我们争取世界和平的伟大希望。”
他的希望没有落空。1961年，肯尼迪在联合国发表演说，以总统的身份向苏联人发出挑战：“不要军备竞赛，要和平竞赛。”作为开始，可先禁止大气层核试验。与此同时，肯尼迪又一次充实了美国在日内瓦的和平谈判团，派遣阿瑟·迪安为谈判首席代表，要求“作出新的努力并下最大的决心”。
尽管这些都是积极的迹象，但鲍林认为仍须向有关方面不断施加压力。肯尼迪在谈论禁止核试验的问题，但他手下的人却还在谈论着向北大西洋公约组织提供核武器的问题，说是要进一步提醒苏联人，他们在欧洲打地面战争是是无法取胜的。还有报告表明，中国人也在研制原子弹。鲍林认为，核技术这种可能扩散的现象代表着一种全新的也是非常危险的倾向。掌握核武器或者能够生产核武器的手段的国家越多，发生核事故、偷盗核技术或引发疯狂灾难的可能性就越大。
鲍林确信，肯尼迪正在有效地促成禁试的谈判，所以，1961年初，鲍林又转向了一个新目标：制止核武器扩散。
鲍林夫妇认定，最好的方法是展开一场新的请愿活动。在若干积极参加活动的朋友帮助下，鲍林起草了一份呼吁书，要求停止用核武器武装北大西洋公约集团，在全面裁军的方向上跨出扎实的一步，增强联合国的作用，并将其视为争取世界和平的力量。他们将其命名为“关于停止核扩散的呼吁书”，并且立即寄发给两千名科学家，这些人曾在他们以前那份请愿书上签过名。信封上的地址和收信人名字都是鲍林夫妇在他们厨房间的餐桌上一一填写的。
一个月之内，鲍林从世界各地收到了七百多个签名，其中有38名诺贝尔奖获得者，110名国家科学院院士。这是一个良好的开端。2月16日，鲍林在联合国将这份请愿书送交给哈马舍尔德。同一天，他们还谨慎地向新闻界散发了一份说明书，详细阐述了这次请愿活动发起的经过以及资金的来源。
随后，鲍林又巧妙地利用联合国代表的广泛性，开始寻求全世界人民的支持。他请求各国代表通过媒体征求几十万人的签名。签名最后应当在4月中寄到，此时，北大西洋公约组织的代表将要在奥斯陆开会，讨论核武装问题。这么大规模的请愿活动在以前还从来没有出现过。
但是，纵然是历史上空前规模的请愿，鲍林在心里仍没有满足。为了让全世界都把注意力集中在这个问题上，他决定，在北大西洋公约组织会议前夕，在奥斯陆召开一次国际和平大会。这次会议一定要回复到普格瓦什会议的精神，请铁幕两边德高望重的科学家参加，向世界表明，军国主义决不是缓和国际紧张局势的唯一出路。这次大会的筹备工作可以在帕萨迪纳进行，可以请他的那些热心于这一活动的朋友们担任会议的组织者。他在鲍林寓所举行的一次筹备会议的记录中写道：他们希望激起全世界人民发出“抗议的怒吼”。
为大会制订计划，确定与会者名单，为他们安排交通，募集会议的经费，在春季剩下的日子里，鲍林花了大量时间做这些事情。他首先写信给挪威诺贝尔奖委员会主席加纳·贾恩，征得他同意开放诺贝尔学院作为开会的场所。他又说服施韦策、罗素和另外二十名知名人士充当会议的发起人。他将这次会议定名为“研究核武器可能扩散到更多国家或国家集团的问题的大会”——不过，其他人都将其称为奥斯陆大会。他又开始为大会筹集三万美元的经费。最后，鲍林夫妇还得自己掏腰包为这次会议支付很大一笔费用。
在此期间，鲍林在爱娃为他安排的一次聚会上庆祝了他的周岁生日。那天晚上，他兴奋极了，身边都是老朋友、同事和以前的学生。他们已散布于各地，许多人已经多年不见了。来参加晚会的人中，有一位特别受欢迎，他名叫戴维·哈克，90年代鲍林的学生，后来在蛋白质研究中又成为他的竞争对手。哈克和鲍林各自都经历过辉煌的岁月和消沉的时刻，现在，哈克回忆起自己学生时代的趣闻和轶事，引来了阵阵哄堂大笑声，后来给大家印象最深的一句话成了鲍林的名言。哈克问起他当年的导师：“鲍林博士，您怎么会有那么多好的想法呢？”鲍林想了一会儿，回答说：“噢，戴维，我的想法很多，其中的坏想法被我抛到九霄云外了。”
鲍林仍然是老样子。尽管他争取和平的活动足以使许多调查委员会忙个不停了，但他仍能找到一些时间进行科学研究的工作。
他对《大学化学》进行了修订，出了这部教材的新版本。他对朋友说，他打算就分子学的基本知识写一本新书。关于精神医学的研究项目已处于福特基金五年期资助的收尾阶段，但他还拿不出多少值得炫耀的成果。对精神病患者一次又一次进行的尿样分析和血液检验，已经显现出若干令人欣喜的迹象，但还谈不上找到一种简单的办法可以临床应用于他相信能够医治的苯丙酮尿症。尿和血液的化学成分品种繁多，使用现有技术还无法进行有效的分析。能够进行的分析表明，这些复杂的体液所含化学成分因人而异，而且差别非常大，因此，要断定哪一种具体的因素直接造成了精神障碍方面的疾病，难度是很大的。
关于大脑的功能，鲍林曾经提出一种颇为重要的新见解，可惜它与精神医学研究的课题并没有多大的关系。多年来，他一直在思考着他在1952年从一位内科医生的谈话中听到的一个结论，就是氙气是一种绝妙的麻醉剂。他非常重视，因为根据他本人的经验，氙是自然界中最不活跃的惰性气体。与任何元素都不发生化学反应的元素，怎么会有如此神奇的生物学功效呢？
七年时间过去了，他终于找到了答案。他在浏览一篇关于一种具有长链结构的烷基置换按盐水化物结晶结构的论文时，突然想到水可能就是那种麻醉剂问题的答案。在此之前，他已表明，水分子可以聚集在其他几种元素尺寸相宜的分子周围，形成水化物。这是一种以其分子为核心且是多面体形状的框架，其特性与普通的水有明显的区别。水化物在某些方面的性状与冰晶体相像。如果在大脑中的蛋白质侧链周围形成了稳定的水化物，从而使氮气起到了麻醉剂的作用，那么又会发生怎样的情况呢P在形成这样一种水的框架结构的过程中，大脑中这种晶体就可能阻碍临近的蛋白质侧链和离子的运动，减小脑电波振荡的振幅，从而导致意识的丧失。用一种比喻的说法，就是氙气冻结了大脑的活动。
接下来的一年里，鲍林阅读了大量文献，他认识到，自己的理论不但在麻醉领域里是全新的概念，而且也适用于许多诸如氯仿和氧化氮那样的由水化物构成的其他麻醉剂。降低大脑的温度也能产生类似于麻醉剂的作用，这一现象对他的理论是一种有力的支持。鲍林认为，在这两种情况下，其结果也许都可能与微晶的形成有关。1960年春天，他开始起草一篇论文——并吩咐他的一位新来的学生设法找到有关的证据。这名学生就是弗朗克·卡奇普尔，以前在施韦策手下的医务主任，他后来跟鲍林来到了加州理工学院。在两次会议上，鲍林介绍了初步得到的结果，他的想法得到了与会者的好评，这使他深受鼓舞。一位有名的麻醉师称这些结果“非常巧妙”，“令人着迷”。尽管卡奇普尔尚未找到任何强有力的证据，鲍林还是决定将这些想法在杂志上发表。他的论文题目是“普通麻醉的分子学理论”，刊登在1961年7月号《科学》杂志上。鲍林将其视为十年前关于蛋白质结构研究以来自己所做的最重要工作。为了证明其结果的正确性，他又从自己的实验室中抽调了更多的人力投入这一课题的研究。
低温有利于结晶，对麻醉的要求就可以降低。为了检验这一理论，鲍林手下有一个研究小组使用金鱼作为试验动物进行了一系列实验。几十条金鱼被置于一只只碗里，碗中滴入一定剂量的麻醉药，并且配备了用于控制温度的仪器。研究人员密切地注视着一只只碗，随时检测温度的情况，议论着每一条金鱼是否真正进入了失去知觉的状态。化学系那些高年资化学家看到这一番景象，一个个摇晃着脑袋，表示不解。
鲍