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但是，他这次中东之行却惊动了杜勒斯的国务院。那时，已任命了一位新的负责护照安全的官员，此人名叫司各脱·麦克利德，是联邦调查局的一名特工，一名死硬派反共分子。这个人发现自己与希普利的看法完全一致。他们两个人一起开始更加严格地限制公民出游的权利。麦克利德与非美活动调查委员会、参议员麦卡锡和联邦调查局都有电话通讯的联系，因此有条件从各方面来源了解鲍林的情况。麦克利德进行了布置，在鲍林访问以色列期间，将有陆军情报人员严密监视他的活动；一直到后来有报告称，鲍林并没有说什么非常不妥的话，对他的监视才放松了一些。
鲍林在11月初回国后没几天，又一次提出了远游世界的申请。这一次，他想带爱娃·海伦一起去印度待一段时间，因为他接到了该国政府的邀请，要他出席印度科学大会，作几个星期的科学讲演，并去孟买参加一个新建实验室的落成典型。他计划于12月中旬动身。鲍林急于想看一看印度，这个国家在尼赫鲁的领导下正在成为所谓的第三世界的领导者。第三世界是由一些既不与美国也不与苏联结盟的新兴国家组成的。鲍林从尼赫鲁身上看到了一条介于共产主义和资本主义之间中间道路的希望。
至于国务院对印度也颇感兴趣，在相当大的程度上是出于同样的原因，不过看问题的态度就不那么积极了。根据政府的分析，印度正在向左转，脱离了西方的轨道。在这样的形势下，让鲍林这类持不同政见者到那里去访问，给美国抹黑，特别是考虑到他即将参加的会议另外还有六七名俄国科学家当主角，那就更不是一件好事了。因此，希普利提议拒发鲍林的护照，就得从新的角度加以认识了。
一直到12月初，鲍林还没有听到关于护照的任何音讯，他请求国家科学院院长戴特列夫·布隆克帮助。布隆克担心，要是政府再次拒发鲍林的护照，就会给全世界科学界带来不良的印象。于是，他与希普利会了一次面，进行了一次冷冰冰的交谈。希普利告诉他，印度是一个“敏感的地方”，对鲍林这次访问作出的任何决定，都要考虑到其他一些部门的意见，比方说，安全部门首脑麦克利德就是其中的一位。她说不清楚到底何时才能作出最后的决定。布隆克将这一消息电告鲍林时，提醒他注意，麦克利德是麦卡锡手下的一名干将。在布隆克的电话之后几个小时，国务院的一位官员就打电话告诉鲍林说，在他预定出发的日期之前，不会有任何决定。
鲍林感到非常愤怒，他直接给希普利挂了电话。他强压怒火，向她解释说，这次旅行纯粹是为了科学和观光，他绝对不会发表政治演说。作为回答，希普利反问道：建议赦免犯有原子弹间谍罪的人，他当作怎样的解释？鲍林对她讲，要是扣着他的护照不发，在公众中将会产生不良的后果。她告诉他，此事的决定权在上面的人手里。
这就超过惯常那种拖延的范围了。鲍林怎么也不敢想象，希普利的办公室会重犯1952年所犯的同样的错误，他们就不怕冒犯了世界科学界，竟然执迷不悟地剥夺他出外旅行的权利。况且，他一直约束着自己，切断了与共产党有关的组织的联系，放弃了进行政治演说的机会。不管怎么说，他的护照不应当遭到拒发的命运。
他和爱娃取消了安排在前面的几次约会，重新安排了动身的日期。他们打算迟一周出发，也就是23日。鲍林致函杜勒斯，主动提出到华盛顿走一趟，在圣诞节前的一个星期中找一个时间与他谈一次。结果无回音。他又一次写信，同时还调整了自己将要搭乘的航班。在信中他提到，他将在出发的那一天上午9点钟前往纽约护照办事处。同样，他也没有收到回信。
12月21日，鲍林乘飞机到达纽约，随身带着出外旅行3个月的行李。第二天上午，鲍林来到纽约护照办事处。他既没有领到护照，也没有得到解释。他怒气冲冲地回到了下榻的旅馆，拨通了杜勒斯办公室的电话。有人对他说，国务卿不能与他在电话里讲话。跟他谈话的是国务院科学顾问。他告诉鲍林，有关他的护照已作出最后的决定，至于具体的内容，他不能说。
那天下午晚些时候，也就是鲍林原定乘坐的航班起飞后两小时，国务院的一名代表打电话告诉他，已决定拒发他的护照。此人还对他说，对这一决定，他可以向护照申诉委员会提出书面的上诉。
鲍林已无意这样做。他与自己的律师商讨了一次——律师告诉他，29日将安排有国务院官员参加的一次听证会——鲍林和爱娃又乘飞机到了华盛顿。他曾设法与希普利会面，但没有成功。于是，他在海一阿达姆斯宾馆与爱娃·海伦一起过了一个没有欢乐的圣诞节。接下来就等待即将举行的听证会。
与此同时，他请求布什和康普顿做他的担保人。这两个人都给国务卿写了信，向杜勒斯保证，鲍林是清白忠诚的，尽管“若干年以前他曾深深卷入过一些政治活动”。终于等到了举行听证会的那一天，鲍林和爱娃到了场，预期最后能与希普利作一次面谈。但是，他俩被领到了一个房间，只见希普利手下的一个人坐在一张桌子旁，桌子上堆着一大叠文件。这个人“每隔一会就翻一下这些材料，接着就问一个问题，”鲍林回忆道。他询问了鲍林参加共产党外围团体的情况；鲍林解释说，他已经从这些团体中退出。他又向鲍林打听罗森伯格一家人的情况，鲍林解释说，他只是关心这家人受审的方式，并不是支持共产党人的事业。鲍林还被问到，他曾寄过10美元钱给一个因为是共产党员而被解雇的学者，帮助他筹集出庭辩护的资金，到底有没有这回事；鲍林回答说，他也曾寄过类似数目的钱款，帮助过铁幕后面的知识界难民。他又再次被问到，他是否参加过拯救红木团；鲍林根本就不相信竟然会提出这样的问题。
第二天，针对国务院关心的每一个问题，他和律师合作起草了一份宣誓书。12月31日，他被告知说，还有许多其他方面的事可以推溯到很多年以前，他必须用书面的形式详细地将自己过去在政治上所有的情况讲清楚。
鲍林说，在这么短的时间内，他无法做到这一点；要他作如此全面的回顾，他一点思想准备都没有。他的所有档案和资料全在帕萨迪纳。此时，他已经没有办法给有关方面在印度为他作出的安排作出及时的回复。
他和爱娃·海伦撤回了申领护照的要求，接着就乘飞机回家了。
“真是活受罪，”鲍林后来回忆道。整个事件花费了他们整整两周的时间，来回折腾一共用去了两千美元。
不过，这一次，国际上并没有什么强烈的反响。鲍林对自己遭遇的麻烦，一声都未吭。他避开了新闻媒体，只是发了几封信给一些有影响的人，表示了自己的抗议。其中有前最高法院的法官欧文·罗伯茨，此时他担任了美国哲学学会的主席。“我认为，国务院的行动有可能是麦卡锡惧怕的结果，”鲍林在1月份给罗伯茨的信中这样说，“不过，可能性更大的也许只是希普利夫人本人感到很恼火，因为在1952年春天国务卿曾采取行动否定了她在我的护照问题上作出的决定。”
他打算循规蹈矩照章程办事。他将自己收到的邀请信按时间的顺序排列好，计划在1954年底左右的一段时间里到日本、希腊和泰国作学术报告，并且以此为策略，再作一次申领护照的努力。不过，这一次申请的时间得大大提前，并且要附上手头备有的全部证明和材料。他将不声不响地做这件事，尽量避免发生争议的情况。他希望让杜布里奇和其他校董们放心。
不去摇撼这条船，这是很有道理的。几乎让每个人都非常吃惊的是，洛克菲勒基金会批准了鲍林和比德尔要求资助150万美元的申请，从而为最终建成教会实验室扫清了道路。这是鲍林得到过的最大一笔资助，也是对他在加州理工学院始终享有的巨大威望的肯定。这原本是一件天大的喜事，但不知是什么原因，并没有出现欣喜若狂的场面。在新大楼里到底要干什么事，鲍林心里仍然没有底。1月和2月，他本来打算到世界上一些地方去走走，现在则忙于寻找分子手段来对付疾病的新方法，从而将令人失望的胶原蛋白问题抛到了一旁。他对新大楼所需的设备作了一些具体的安排。他还查阅了一些有关大脑化学功能的资料，这一广阔的研究领域也许比较容易出成果。他在第125届美国化学学会全国代表大会上，主持了有关血红蛋白的科学研讨会。第二天会上，前总统杜鲁门是主题发言人，他受鲍林的启发，说了这样一句语意双关的俏皮话：要是鲍林坚持研究的是白血球，而不是红血球，也许他今天的日子就会好过一些了。这一玩笑赢得听众的一片掌声，鲍林也咯咯地笑了起来。不过，这一个例子说明，远离政治并没有给鲍林带来多少好处。在两年多的时间里，他主动放弃了作为一个公民讲话的权利，但是，给他的资助仍然被取消，旅行的权利照样被剥夺；他仍然充当了被人取笑的角色。
他对沉默已感到厌倦。1954年春天，他又感到不得不再次大声疾呼了。
导火线是扔下的另一枚炸弹。3月1日，美国爆炸了一个装置，将太平洋上一个名叫比基尼·阿托尔的小岛夷成了平地，其威力几乎震惊了每一个人。
试验的当天，离美国观察家一无所知的爆炸现场叨英里处，在一艘名为“好运龙号”的日本渔船上，渔民们突然看到天空出现耀眼的亮光。几个小时以后，空中笼罩着灰蒙蒙的烟雾，亮晶晶的白色尘埃开始落下，船上和船员身上都覆盖了一层难以除去的灰烬。两个星期以后，渔船返港时，船员们一个个都感到恶心和发烧，牙床出血，皮肤发黑并伴有灼伤的迹象，头发一撂一撂地往下掉——这是典型的受到放射性毒害的症状。日本当局迅速将病得最重的船员送进了医院，同时还扣下了他们捕到的鱼虾，但是，对放射性的恐惧还是迅速地在整个日本列岛传了开来。对于前些年在广岛和长崎发生的事件，日本人记忆犹新，他们要求当局用盖革计数器检验这些鱼虾。学生们走上街头，掀起了抗议美国的游行和示威。
接着又传来了更加令人头痛的消息。日本医生和科学家向全世界宣布，美国这次炸弹试验产生的放射性尘埃和微粒，由于爆炸而污染了高层大气，并伴随着高空的气流吹到了地球的四面八方。这种尘埃可以坠落到任何地方，人们尚难预料将会产生怎样的影响。从此，新闻媒体的用语中又增加了一个新词：放射性尘埃。
日本人的报告在美国的媒体上慢慢传开了。人们很快就明白，比基尼岛这次爆炸的炸弹，其威力比以前试验过的任何炸弹威力都要大得多。公众开始要求了解更加详细的情况。3月24日，艾森豪威尔总统在记者招待会上讲了话，然而一点也没有减轻人们的担心和疑虑。艾森豪威尔说：“很明显，这一次当然发生了一些我们以前从来没有碰到过的情况，因此科学家们感到震惊也就理所当然了。”
此事当然也震惊了鲍林。他从强迫自己保持沉默的精神约束下惊醒起来了。日本人测得，伴随爆炸产生的放射性物质，数量巨大，种类繁多，这就表明，这不是一枚简单的氢弹，而是一项新式的武器，危害性比氢弹还要大得多。4月15日，鲍林作了两年半时间里第一次关于核弹政策的演说，地点是在洛杉矶唯一神教派的教堂，听众有一千人左右。他全面回顾了新型炸弹给人们带来的恐惧，批评了为了增大武器威力而采取的轻率做法，认为这次在比基尼岛试验的“超级炸弹”就是典型的例子。他强调指出，许多国家正在毫无节制地竟相研制杀伤力巨大的武器，人们应当再次奋起投身于争取和平和裁军的事业。在广岛事件后，原子科学家紧急委员会曾经发出呼吁——认为有必要成立世界统一的政府，必须与共产党国家进行对话——鲍林演讲的许多内容就是围绕这几个主题展开的。但是，由于比基尼岛爆炸释放出来的放射性非常严重，因此，在他的演说中对问题的紧迫性又有了一层新的认识。
鲍林在讲话中首先向听众致意，然后，话锋一转，触及到与此有关的另一课题。新近，有人攻击上了黑名单的奥本海默，不准他接触保密资料，并让他到一个安全委员会接受审查。这是一个典型案例，它威胁到美国式自由。看来，一方面，还是老调重弹——与共产党有牵连。对于这一指控，联邦调查局曾在1947年作过调查，鲍林当时已为奥本海默的忠诚作过担保。另一方面，这次又有了新的罪名：奥本海默曾阻挠氢弹的研制工作，说他曾经建议在这个问题上实行慎重缓行的政策。奥本海默曾经在一个名为曼哈顿计划的研究项目中出色地工作，被人视为英雄。就是这样一位德高望重的科学家，竟被剥夺了参阅保密资料的资格。在1954年初的几个月里，这一新闻经常成为全国性报纸的标题。
鲍林对奥本海默一案极为反感。在此之前八年，他曾公开反对提名奥本海默进入原子能委员会理事会——用鲍林的话来说，就是在他的印象中，奥本海默是一个不可靠的人。他还认为这与奥本海默的“个人品质”有关——但是，此时他对这位从前的朋友所处境遇却深表同情。认识奥本海默的人都相信他是一个左派。50年代初，联邦调查局整理了一份档案材料，放在档案架上厚达十英尺。这些材料详细地记载了奥本海默对共产党人的同情、交往和友好情感。虽然其中决无他充当间谍之嫌疑，但有证据表明，他在不同场合曾经隐瞒事实真相或当面撒谎，将自己打扮成一个遵纪守法的人，而不是像调查他的人所说的那样，是一个“心胸不够坦荡的人”。要是奥本海默是一个普通的平民百姓，或者是一位科学家手下的无名小卒，他可能早在几年以前就被逐出门外，不让他参与机密工作了。然而，他是一位大名鼎鼎的科学家，对国家的重大项目来说是一个举足轻重的人物，自然不可等闲视之。因此，尽管他表现欠佳，多年来仍一直有资格查阅任何级别的机密资料——但是，艾森豪威尔上台以后，情况发生了变化。
在这种情况下竟然公开羞辱奥本海默，似乎是荒唐可笑的。在鲍林看来，这完全是出乎政治上的需要。奥本海默已被看作为研制更多威力更大的炸弹的一个障碍。奥本海默为自己作了辩解，整个事件也就演变为一场全国性的争论。鲍林和几十名科学家一起，纷纷挺身而出，为奥本海默辩护。鲍林在政治上又开始大声疾呼，他写了一篇慷慨激昂的短文，刊载在1954年五一节的《国家报》上。“将罗伯特·奥本海默博士视作安全的危险而禁止他参与机密工作……实属美国政府的一次很不光彩的行动，”他这样写道。“任何一位头脑正常的人，只要考察一下实际情况，就一定能得出结论：奥本海默是一位忠诚而又爱国的美国人。原子能委员会的达官贵人也一定能得到这一结论，艾森豪威尔总统本人也不应例外。照此看来，我们不得不认为，政府最近采取的这次行动是政治谋划的结果——奥本海默博士则成了为政治所抛弃的牺牲品。”接下去，鲍林敦促美国领导一场有多方面参加的科学和政治探索，寻求“一种实际可行的方案来替代原子能野蛮时代的疯狂行为。”
那个月晚些时候，奥本海默最终还是被剥夺了参与机密工作的资格。
对科学家来说，此案是杀鸡儆猴，警告他们要安分守己。然而鲍林可不买这个账。“两年来，在政治行动方面，我一直严格克制自己，”他在给一位朋友的信中这样写道，这位朋友曾赞扬他在《国家报》上发表的那篇文章。“我算是看透了！将话憋在心里不说，不但是错误的，而且也不值得。”
鲍林又回到了政治的漩涡中。新的“超级炸弹”以及伴随产生的放射性尘埃，成了他一系列演说的首要话题；与此密切有关的另一中心议题就是奥本海默一案及其对科学自由的影响。6月，鲍林的女儿在俄勒冈里德学院毕业，鲍林在该院举行的毕业典礼上发表演说，严厉抨击华盛顿在奥本海默案中“无法正常思考”。鲍林对与会的毕业生及其家长说，“你们必须永远追求真理。客观真理不会屈从于主观认识。你的邻居与你的看法相左，你得服从真理；一个国家发表了某一声明，另一个国家却一声不吭，你同样也得追求真理。”
在放射性尘埃问题上，全国范围内的争论日趋激烈，追求真理的任务似乎也愈益艰难。原子能委员会在其新任主席刘易斯·斯特劳斯的领导下，执意压下了有关资料，不肯向外界透露放射性尘埃的污染程度和有害后果，意欲表明核弹试验计划至关重要而又非常安全。因此，问题更加扑朔迷离，以致在1954年春夏两季这段相当长的时间里，几乎谁也讲不清楚放射性尘埃到底会产生怎样的影响。在无过硬证据的情况下，种种猜测应运而生，人们议论纷纷。鲍林像往常一样，开始广泛涉猎能够找到的有关资料并作综合分析。放射性尘埃产生的影响逐渐在他的头脑中形成一幅骇人听闻的图景。在自然界原本存在以及在医疗过程中产牛的放射源——包括地球上的放射性元素、X射线和宇宙射线——是放射性现象的“基底”。与此相比，核弹试验以散落尘埃的形式所造成的放射性污染只是其中的一小部分。但是，放射性会损坏DNA，受到放射性照射的总量的微量增加就足以造成这一后果。根据鲍林的计算，放射性增加的微小剂量决不能轻易忽视，因为它可能增大人体细胞的变异速率。他开始发表演说，撰写文章，论述放射性尘埃与细胞变异之间的关系，并且更加勤奋地钻研小剂量放射可能造成的影响，特别是对基因造成的影响。
6月，鲍林再次向有关方面申领护照，为自己在冬季周游世界进行准备。这一次，他要求对方用书面形式准确地列出拒发护照的种种理由，因为他希望有足够的时间申诉。他收到了希普利的答复，其中罗列了她从联邦调查局关于鲍林的�