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也许是与植物学家胡克和格雷交往的结果，达尔文对植物的兴趣越来越浓厚，撰写了一系列与它们有关的著作。早在1862年，达尔文就出版了《兰花借助昆虫传粉的种种技巧》一书，说明兰花花朵多姿多彩的形状和颜色，也是由于进化而来，用于吸引昆虫给植株授粉。第二年，达尔文在达温宅建造了一间温室，在这里花费大量时间进行实验、研究；达尔文对常青藤、攀援植物，以及捕蝇草等吞噬昆虫的植物特别感兴趣。他后期关于植物的著作有：《攀援植物的运动和习性》（1865），《食虫植物》（1875），《植物界异花传粉和自花传粉的效果》（1876），《同种植物的不同花型》（1877），以及最后与儿子弗兰西斯合著的《植物运动的本领》（1880）。
在其它著作中，达尔文深入细致地探讨《物种起源》中涉及的一些问题。两卷本《家养动物和培育植物的变异》（1868）全面包括培育驯养的问题，运用的是他在准备有关物种的“宏篇巨著”——《物种起源》时放弃的材料。在这部书中，达尔文阐述了一个受到胡克、赫胥黎和其他支持者批评的理论，他称之为泛生论，力图解释父母怎样将自身的特点遗传给后代。达尔文认为，父母体内的成分记录了他们自身的特征。泛生论在这一部分是正确的；今天这些成分被称做基因。然而达尔文相信，生命体存活时候获得的特征可以遗传给儿女，这实则大错特错。达尔文之前也有人持同一观点，著名的科学家有法国进化论者拉马克，但这是不可信的：后天获得的特征不可以遗传，例如健美运动员拥有发达的肌肉，但是他们的孩子的肱二头肌可不是一出生就饱满有力。
1871年，在实际上两本著作合二为一的《人类起源和性选择》中，达尔文开始发表对人类起源问题的看法。达尔文推断人类从遥远的、与类人猿相似的祖先进化而来，而不是像许多人错误的想法那样，从现存的猴子或者类人猿进化而来。在第二部分，达尔文阐发的理论是，性别选择，或者配偶争夺，是进化论中意义重大的因素。达尔文论断，一些鲜明的特征，比如孔雀绚丽多姿的长尾巴，不是为了帮助它们获取食物或者逃避天敌，而是为了吸引异性得以进化。他认为人类的一些特征，诸如丰满的臀部、饱满的嘴唇，也许是由于同样的原因进化而来。达尔文在《人类与动物情感的表达》（1872）一书中，描述了微笑、皱眉和其它感情表现的进化。在观察童床内第一个儿子的微笑、啼哭时，达尔文就对这个问题产生了浓厚的兴趣。
达尔文的最后一本著作论述卑微的蠕虫——蚯蚓，它以缓慢、稳定的活动，形成了地表的土壤层。如同自然选择自身的力量一样，蚯蚓无处不在，默默地、耐心地、悄无声息地工作，重新塑造了整个世界。《蚯蚓活动下土壤腐殖层的形成》（1881）重新确认达尔文对渐进论的信念，即环境的改变是通过缓慢、微小变化的积聚。
这些年来，达尔文自豪地看着孩子们一个个长大。尽管他从来没有强迫孩子们成为科学家，几个儿子还是选择了科学事业，这使他非常高兴。乔治是天文学家，剑桥大学教授。弗兰西斯是剑桥的植物学家；同时编纂了父亲的信件和写给后代的自传体散文。贺拉斯发明了一种叫做虫石的小装置，帮助父亲测算蚯蚓形成新土壤层的速度，还创建了一个生产科研设备的公司。
在达尔文逝世一年前摄制的照片上，他看起来像一位劳顿不堪、饱经风霜的智者。他说：“当迫不得已，不得不放弃观察和实验时，我宁愿死去。”
十九世纪六十年代中期，达尔文病魔缠身，深受其苦。随着时间的推移，达尔文越来越容易感到疲乏，虽然情况后来有所好转。步入生命的晚年，达尔文毫无遗憾，知道已经尽己所能完成了重要的科研工作，自己的学术思想将持续长久地影响整个世界。只是担心双目失明或者害怕身体过于虚弱不能继续工作。“当迫不得已，不得不放弃观察和实验时，我宁愿死去。”
1882年初期，达尔文受到几次轻微心脏病的袭击。紧随其后，病情迅速恶化。四月十九比在达温宅的病榻上，达尔文终因心脏病医治无效与世长辞。一种谣言开始迅速散播，说在病床上，达尔文放弃了进化论，转而信仰基督教。这种谎言和关于达尔文的其它传闻一样，只是谣传而已。四月十八日，达尔文平静地对爱玛说：“我一点也不害怕与死神见面。”这才是达尔文真正的临终遗言。
达尔文希望将自己埋葬在生活多年的乡村，但是科学界的朋友说服他的家人，达尔文应当享有更高的荣誉。来自达尔文敬仰者的政治压力和新闻宣传运动，促使不论主教还是政府官员，都一致公认，为达尔文在威斯敏斯特大教堂举行国葬是他应得的荣誉。威斯敏斯特大教堂位于伦敦，英国所有已逝的国家英雄都在这里安息。四月十九日，达尔文安葬于此。胡克、华莱士、赫胥黎和美国大使帮助抬棺，随行的人员还有：他的朋友、同事和国家知名人士。达尔文，这位生前作为敌人，一度被害怕他的人百般诟骂的科学家，被隆重埋葬在英国国教会教堂的最核心。讽刺感强烈的达尔文，一定非常欣赏这幕奇观。
达尔文隆重的国葬名动一时，凭此票才能参加。
补充材料：达尔文面临的科学挑战
达尔文一生中遇到的阻力与挑战数不胜数，大部分来自于宗教领域；同时他还面临着来自科学养同行的反对，他们相信已经找到达尔文理论的缺陷。
一种反对意见如下所述：达尔文的进化论坚信，从一类物种到另一类物种的演变是一个缓慢、渐进的过程。但是在新老物种之间，尚未发现处于二者中间状态的化石。达尔文非常清楚，目前的化石纪录并不是那么完美无缺。他希望随着古生物研究的发展，新发现的化石纪录能够处于中间状态物种的历史。
1861年，达尔文对未来化石发现的期望得到了丰厚的回报。一种与众不同，叫做始祖鸟的化石终于出土。始祖鸟是一种介于爬行动物和鸟类之的动物，长有羽毛丰满的鸟翅和蜥蜴的牙齿、骨骼、尾巴，恰巧是达尔文预见的那种动物。达尔文为之欢欣鼓舞，“始祖鸟化石对我来说是个重大事件”。后来，还发现了其它处于中间状态的化石，都是连接鸟类和爬行动物的纽带。整个这类动物被古生物学家称为兽孔目爬行动物，或类哺乳爬行动物，填补了爬行动物、哺乳动物，以及马和其它现代物种进化过程中完全关联的几个阶段之间的空白。
同时，现代古生物学家确信，演化的进程并不总是像达尔文所说的那样缓慢而稳定。有时新物种以相对突然的速度出现；诱发变异的速度也是时快时慢。生物学家和古生物学家正在进行研究，力图理解生命历史的这些突变。但是，未来的化石发现将会支持达尔文对存在中间状态生物的信仰，证明达尔文在这方面的思维是正确的。
另一种反对与时间有关，这也是困扰达尔文一生的问题。地质学开阔了人们对“深层时间”）地球历史可回溯到上亿年的遥远过去）的广阔视野。这种地质学的时间概念对于进化论思想来说极为重要。达尔文相信，所有的进化都要通过缓慢、微笑、难以察觉的变异的积聚进行，这是一个年复一年的漫长过程。他赞同地质学家查尔斯·赖尔关于地球年龄有上亿年历史的观点。1895年，根据达尔文的计算，从恐龙时代起地球已有三亿年的历史。
空棘鱼是科学家们认为在0。6—0。7亿年以前已经绝迹的一种鱼类，但是1938年在马达加斯加海岸捕获的一只活空棘鱼推翻了这一观点。此类“活化石”证明了达尔文化石记录不完全，只能部分理解的观点。
但是，1862年。著名物理学家威廉·汤姆森（WilliamThomson）爵士，即后来的凯尔文勋爵，宣称运用物理学知识。他已经能够确定地球的历史。凯尔文认为，依据赖尔和达尔文提出的漫长时间，地球将得不到阳光的照射。太阳存在的时间比上述时间长，会将所有的燃料损耗殆尽。停止提供光和热。依据对太阳年龄和地球温度从灼热状态到冷却状态速度的计算，凯尔文推断地球只有0。24亿年。但是，如果进化以达尔文描述的方式进行，即使凯尔文推测的时间也不够充裕。
达尔加信，凯尔文关于地球年龄的推测是个错误的观点，但是他不知道如何来证明，并且坦率地承认，这是他的理论所面临的最大障碍。达尔文去世后。直到发现了原子能和射线，这个问题才得以解决。原子能为太阳提供能量，使其延续的时间不知要比凯尔文的一亿年多出多少倍。另外，地球内部的放射性元素产生热量，这意味着地球冷却的速度比先前物理学家设想的速度慢得多。
地球历史比凯尔文的推想悠久得多。实际上比达尔文假想的时间还要漫长：当代科学家的推算表明地球历史有45亿年之久。听到这一消息，达尔文也许会高兴地说：“对自然选择来说，时间绰绰有余。
第六章 达尔文的遗产
托马斯·赫胥黎，达尔文的“牛头犬”，概述好友一生的成就如下：
查尔斯·达尔文，从来没有人像他那样艰苦卓绝地斗争；也从来没有人像他那样幸运。他发现了伟大的真理，却饱经践踏凌辱，深受偏执盲从的人谩骂，甚至全世界的哗然耻笑；他终于活到了这一天，看到主要通过自己的努力，它在科学领域作为不可辩驳的真理确立了自己的位置，并且成为普通人思维中不可分离的一部分……人生至此，夫复何求？
1885年反对达尔文的印刷品。几十年前，在查尔斯·巴比奇的聚会上，达尔文结识了历史学家托马斯·卡莱尔，他称达尔文主义是“肮脏福音”的话被其引用。
达尔文的“伟大真理”，生命的进化，的的确确成为科学界和普通人思维中的核心部分。但是人们接受它的道路并不总是那么一帆风顺，直到今天，围绕进化论的争论仍然在进行。达尔文知道，科学界的新思想经常会遇到强烈的抵制，就像人们固守平日的信仰一样。他写信给一位牧师朋友，叙谈反对《物种起源》的意见：“到目前为止，反对意见最强烈的部分，与当初反对太阳静止不动，地球环之运行的情况一模一样。”达尔文坚信，自己的思想将会像哥白尼一样最终大获全胜。在十六世纪早期，哥白尼证明地球环绕太阳运行，带来天文学划时代的革命。全面理解达尔文观点的一个障碍是，他的基本思想在某种程度上超出了生物学的范围。哲学家赫伯特·斯宾塞的工作是社会达尔文主义这个概念产生的原因。斯宾塞是达尔文主义的早期支持者。他创造了一个术语“适者生存”，作为对自然选择的概述。达尔文在《物种起源》（1869）第五版和《人类的后代》（1871）中，采用了这个说法。斯宾塞进一步将适者生存的概念运用于人类社会，认为由于自然选择，饱经苦难的穷苦人因为“不适合”将被“淘汰”。
别有用心的人利用了这个观点；最狂热的支持者是美国工业大富豪。他们相信，巨额的财富证明自己是“最适合”的，拥护你死我活的竞争和“胜者为王，败者为寇”的世界观。达尔文同样相信进化的力量适用于人类社会。例如，由于不能与更加强大的西方文化竞争，火地岛居民的土著文化最终难逃消亡的命运。但是，虽然达尔文认为，道德感不是上天所赐，而是进化的产物，他从来没有否定过人与人之间应当拥有道德责任感。尽管如此，社会达尔文主义的极端说法被用于为种族主义分子的滔天罪行辩护。例如，纳粹分子认为自己“种族优越”，犹太人和其它少数民族“不适合”，对他们施行了惨绝人寰的大灭绝。
引起混乱的另一个领域围绕着“进步”的概念。进化论常常与进步混为一谈，后者指向某个特定方向持续不停的运动。达尔文的进化论之前，拉马克把进化视为生命从“低级”形式向“高级”形式不断向上的运动。这种不断“进步”的观点使许多人接受了进化论，特别是关于人类的进化论。虽然不是十分喜欢自己是从类人猿进化而来的观点，但是子孙后代比他们优越的想法令人愉快。许多牧师也在这方面拥护达尔文主义，认为进化与进步相同，相信人类脱离蒙昧野蛮的初始状态后，向着更高的精神阶段不断进化。
斯蒂芬·杰伊·古尔德，哈佛大学进化论动物学家、进化论史学家，认为达尔文本身并没有严格区分进化和进步。严格地说，达尔文在自然选择论中认为，生命体适应周围环境的变化；但并没有指明在哪个特定的方向适应环境，是为了全面进步还是“提高”。1872年，达尔文给美国古鸟类学家阿尔斐俄斯·海厄特（AlpheusHyatt）写信：“经过长时间的思考，我不得不承认，不存在不断向前进步发展的内在趋势。”但是在达尔文生活的时代和社会，到处充斥着工业大帝国时代社会“进步”的骄傲，他不能完全消除那种变化就是变好的深入人心的观念。这样，他的有些论述可以被认为宣称进化就是进步，生命体不仅变得与以前不同，而且朝好的方向发展。这样做的结果是，认为进化就是进步的人，和认为进化是向没有总体方向变化的人，都将达尔文的话作为经典进行引述。当代大部分科学家赞同后一种观点：进化就是变化，但并不一定是向着“更高”阶段进步。
著名现代进化论生物学家斯蒂芬·杰伊·古尔德说：“从达尔文以后，世界就不同了。”
宗教是进化论最顽固的反对者。1860年，臭名昭著的牛津辩论后，进化论和宗教之间的矛盾仍然没有停止。多年以来，那些认为达尔文思想侵犯了早已盛行的宗教信条的人，积极反对他的观点。二十世纪初叶，这种情感在美国发起的基督教基要运动中表现得最为强烈。“基要主义者”由一位浸礼教编辑首创，赞赏地指那些为传统基督教“伟大的基本真理”而斗争的人。这些基本信仰之一是《圣经》传授科学真理。尽管一些早期的基要主义领袖接受了进化论，认为与他们对上帝的信仰并行不悻，但是在二十世纪二十年代，基要主义已经全面形成了反对达尔文主义的宗教运动。
斗争后来发展到对簿公堂的地步。1925年，田纳西州公立高中教师约翰．T．斯科普斯（JohnT．Scopes）为引起全国注意，故意教授关于人类起源的知识，触犯了新颁布的禁止在公立学校传授此类知识的州法，受到法庭的传讯。美国公民自由协会指控法律侵犯了斯科普斯的言论自由权。
斯科普斯审判案——或者像嘲弄达尔文关于人类起源观点的人所说的那样，猴子审判案，是科学史上的一个里程碑。争斗的双方分别是：一位是善于辞令、老谋深算、阅读广泛的著名政客——检察官威廉·詹宁森·布莱思（W。J．Bryan）；另一位是为斯科普斯辩护的著名律师——观点激进的克拉伦斯·达罗（ClarenceDarrow）。还有一位核心人物是名叫H．L．门肯（H．L．Mencken）的年轻记者。他用诙谐机智的语言描述审判时的事件，把布莱恩描绘成夸夸其谈、空话连篇的大胖子，达罗则是思维敏捷、聪明机智的自由思想家。1960年拍摄了反映这次审判的影片——《往事随风》。弗雷德里克·马奇（FredricMarch）扮演保守的检察官，斯潘塞·特雷西（SpencerTracy）扮演自由的辩护律师，吉恩·凯利（GeneKelly）扮演文笔犀利的记者。
1925年斯科普斯审判案将进化论雉上了田纳西州的审判庭。
令人惊奇的是，审判以斯科普斯的败诉告终。斯科普斯承认自己触犯法律，被判有罪并课以一百美元的罚款，后来由于一则法律条款此判决被推翻。从更广泛的意义上讲，这次审判虽然是思想之战，胜负对双方来说都不是十分明显。布莱恩宣称《圣经》是上帝的话语，凡夫俗子无权“诠释”，但达罗的诘问迫使他不得不承认，自己的确在“解释”《圣经》。例如，布莱恩承认，他不相信太阳围绕着地球旋转，尽管《圣经》中有些章节似乎暗示了这一点。达罗立即指出，既然可以做出一种说明，就可以做出无数的解释。对某些人来说，布莱恩和他的支持者，看起来好像是紧张兮兮、心胸狭窄、毫无逻辑的偏执狂；进化论者则比以前更加值得钦佩。田纳西州的这则法律“直保留到1967年，但是没有实施生效。科学家们不由暗自庆幸，注重逻辑的学术自由的力量终于一统天下。
这种自我庆幸似乎为时过早。基要主义与达尔文主义之间的对抗继续进行。二十世纪七十年代以来，成群的基要主义者（由于相信生命由超自然的神力创造，又被称为神造论者）活跃在一些教育系统，力图以所谓的“神造科学”取代在学校中传授的进化论生物学。神造科学企图说明，地球和生命的历史在某种程度上与《圣经》的《创世记》并不矛盾。法院裁决始终如一地表明，神造科学是宗教，不是科学，因此不能在公立学校中讲授。
神造论者和进化论者都对各自的理论怀着深切的激情，两者之间的论辩也异常激烈。神造论者认为，进化论侵犯了他们精神信仰的核心，反对向他们的孩子传授与宗教信条抵触的东西。另一方面，进化论者主张，问题的核心存在于事实、理论和信仰的差异当中。进化论是一门理论，是对可观察现象的解释，事实证明不胜枚举：地质记录，物种之间的结构联系，以及家养和野生动植物物种的变异等等。与任何理论一样，进化论灵活多变、富有弹性。经过修改，进化论也许能够，实际上早已能够解释任何新出现的事实。然而，《圣经》中的《创世记》并没有事实作为依据，恰恰相反，与许多广为人知的事实相互抵触。对于不需要论据的信念或信仰来说，倒是有情可原，但是这不能作为科学理论的基础。
1991年，加利福尼亚大学伯克利分校法学教授菲利普·约翰逊�