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蓄奴制问题在达尔文和菲茨罗伊之间引起了激烈的争辩。船长认为，奴隶制和《圣经》一样古老，奴隶应当在大种植园工作。他声称自己曾经参观过一个种植园，那儿的奴隶生活幸福。种植园主曾经当着菲茨罗伊的面，将所有的奴隶召集在一起，问他们愿不愿意获得自由。据菲茨罗伊说，当时所有的人都异口同声地回答——“不”。达尔文嘲讽地反问，是否菲茨罗伊认为奴隶们敢于在主人面前无所不言。后者勃然大怒，喝令达尔文离开船舱。几小时后，怒气平息的菲茨罗伊向达尔文道歉。这件小事使达尔文尝到了船长暴躁脾气的滋味。尽管菲茨罗伊是一名出类拔革的领导者，由于不知何时他会勃然大怒，火爆脾气突然发作，助手们都学会了在他周围小心翼翼地走路做事。后来在航行中，有一次，菲茨罗伊沮丧消沉、难以自拔，几乎放弃了他的指挥权。
贝格尔号下一个阶段的使命是驶往阿根廷。狂风呼啸的平原和荒凉泥泞的海岸显然无法与多姿多彩的巴西雨林相比，但它们对达尔文也有无穷的魁力。在一个名叫彭塔阿尔塔的地方，他发现一些古老的骨头埋藏在一片沙砾和淤泥之中，便开始用鹤嘴锄挖掘起来。成果喜人，出土了一大批科学上未知的久已绝迹的古生物化石：犰狳、巨树獭。一只样子像河马的箭齿兽、一头早已灭绝的南美象和其它一些动物。达尔文把阿根廷的这些平原叫做“灭绝已久的四足动物的巨大坟墓”。他意识到，这些发现将有助于科学家拼画出地球遥远过去的图景，当时美洲“到处都是巨大的怪兽”。达尔文坚信，貘、树獭、犰狳以及南美野生羊驼这些生活在南美洲的现代动物，都源于同一种古代巨兽。达尔文开始苦思冥想这些物种之间的关系。他认识到，“生活在同一大陆，已经绝迹的生物和仍在存活的生物之间的绝妙关系”，对于理解物种如何出现，如何消亡将带来新的希望之光。
达尔文发表的重新组合的陆上巨树獭骨骼草图，它是达尔文从阿根廷平原发掘的众多灭绝动物之一。
暴雨、狂风、湿淋淋的树丛、荒凉冷漠的海岸布满岩石和冰砾，这一切使环绕火地岛的道路寸步难行。达尔文写道，“看一眼这些海岸，就足以使一名从未航过海的人，整整一周沉浸在对海难、危险以及死亡的惊恐之中。”巡回在贝格尔海峡（这条水上通道是以前一次航海的同名船只命名的），贝格尔号多次考察这片危机四伏的水域。在这儿，达尔文的果敢使一次海滩聚会免于流产。他毫不畏惧，勇敢地冲进惊涛骇浪，阻止了将要冲进海里的船只。菲茨罗伊感激不尽，为纪念达尔文的英勇行为，将一座大约7000英尺的山峰命名为达尔文峰。
前一次拜访火地岛时，菲茨罗伊带走了三位土著居民，分别叫做约克·明斯特尔（YorkMinister，英格兰的一座大教堂），杰米·巴顿（JemmyButton，菲茨罗伊用一个大钮扣从妈妈那儿买到他）和菲吉阿·巴斯凯特（FuegiaBasket，因为她总是喜欢挎着一个篮子）。菲茨罗伊把这些火地岛人带回伦敦。他们在这里学习文明生活的各个方面，比如说基督教、农业、衣着打扮以及如何使用汤匙和刀叉。这次贝格尔号将他们送返火地岛，随行的还有一名英国国教传教会的年轻牧师，前来火地岛传播现代文明，这里是地球上文化最为落后的地区之一。然而船长的试验惨遭失败，三位“文明”的火地岛人很快返回了他们原来的生活方式，年轻的牧师也要求重新返回贝格尔号。菲茨罗伊表示，乐意将杰米带回，但是他只想呆在属于自己的国家。贝格尔号最终驶离火地岛时，达尔文看到了杰米燃火示意的浓烟——“在军舰驶往广阔无边的大海时，这是一个漫长的永别”。
船长菲茨罗伊绘制的贝格尔号火地岛乘客：非吉阿·巴斯凯特（上部左方）、杰米·巴顿（中部左右）和约克·明斯特尔（底部左右）。达尔文目睹了菲茨罗伊企图将“西方文明”强加给这些火地岛人的失败。
与同时代大部分欧洲人一样，达尔文坚信，西方的生活方式是最先进的。火地岛的插曲使他顿然醒悟，断定应当在一夜之间将“野蛮人文明化”的想法是错误的。他归纳道，应当由火地岛人、澳大利亚土著居民以及其它地方的土人决定他们自己的命运。同时，他正确地预见到，酉方殖民化进程和现代经济的发展将会威胁到他们的生存。
1834年6月，贝格尔号抵达南美洲西海岸，在这里呆了一年多的时间。由于邮递到的赖尔《地质学原理》第二卷的影响，这段航程达尔文的主要兴趣集中在地质学。达尔文手握地质锤，研究安第斯山脉的岩层结构。安第斯山脉是地球上最年轻最险峻的山脉之一，海拔12000英尺处的化石森林和大量的贝类化石令人叹为观止。达尔文还目睹了几次火山爆发并在一次地震中幸免遇难。这些突发事件给达尔文留下了深刻的印象，证明地表总是处于不断地变化和移动之中。达尔文由此得出结论，生命所处的地理环境是流动的、不断变化的。达尔文的地质观测，与他对已经发现化石物种（虽不同于存活的生命，但仍有相似之处）的思考一起，帮助他洞见到，生命为了适应周围环境的变化，本身也是流动的、不断变化的。
南美洲沿岸考察是贝格尔号的首要使命。此任务结束后，贝格尔号用一个月的时间访问加拉帕戈斯群岛，然后在1835年10月开始漫长的返航。在回乡的途中，军舰还在塔希提岛、新西兰。澳大利亚以及其它一些小岛屿抛锚小驻。与在南美洲的尽情考察相比，这些停驻都十分短暂，不足以给予达尔文充足的时间、空间进行全面的考察。尽管如此，他还是尽己所能充分利用时间在太平洋和印度洋考察礁湖和珊瑚礁；在澳大利亚的河流中观察一对嬉戏的鸭嘴兽；在大西洋阿森松岛观测火山斜面零碎的样本；甚至在孤寂的圣赫勒拿岛，悠闲地环绕拿破仑的墓地散步。
1835年地震后处于一片废墟中的智利康塞普西翁。几天后，达尔文参观了这片废墟，称之为“我所见到的最恐怖、最有趣的景象”。
到此为止，环球航行已大大超出所有人心目中的预定时间，达尔文和同船水手都渴望快快回家。然而菲茨罗伊宣布，为了完成一系列的环球天文测量，在返回英国之前，贝格尔号将穿越大西洋在巴西做最后一次停留。这个决定使全船人处于一片阴郁之中，达尔文万分恼火，在给姐姐苏珊的信中写道：“我讨厌大海！我痛恨在它上面航行的所有船只！”幸好军舰重返英国前，在巴西只停留了短短几天。最终，像达尔文写的那样：“十月二号，我们终于抵达英国海岸。在法尔第斯，我离开贝格尔号，结束了在那个小小船舱内将近五年的海上生活！”
补充材料：什么是物种？
达尔文的著述包含大量对物种的说明。这一术语甚至出现在介绍进化论的著作——《物种起源》的书名中。但是，达尔文在《物种起源》中承认，没有人确切知道什么是物种。他写道，“没有一个令所有博物学家都满意的定义，但是每一位博物学家提及物种时，都有一个模糊的概念。”
生物分类学是依据动植物之间的异同点进行归类的科学。物种是它的基本单位。瑞典学者卡洛勒斯·林奈（CarolusLinnaens；1707－1778）以毕生的精力划分动植物，奠定了近代分类学的基础。他把所有生命体划分为两大部分。一个是植物界，另一个是动物界。（现代主物学确立了五个范畴：植物界、动物界、真菌界，另外两个界与微小的单细胞生命体有关。）这些大范畴进一步划分为一系列的小范畴。门、纲、目、科、属、种。生物学家有时添加额外的范畴。例如亚门、亚科、亚种（或变种）。
林奈还创立了双名法，如今这一方法仍然被用来鉴别物种。名宇的第一部分确立生命体的属，或相关的物种群体；第二部分解释它是什么专门物种。例如，豹属（Panthera）包括几种大型猫科动物，例如狮子（PantheraLeo）。有时附加第三个名字以确定它的亚种，比如亚洲狮（PantheraLeoPersica）。
书归正传：什么是物种？显而易见，达尔文和近代生物学家一样。把物种定义为：单一生命体的群落，能够相互交配并繁殖能生育的后代。一类物种与其它物种之间的交配存在许多阻碍。或者像生物学家所说的繁殖隔离。物种之间杂交的最大障碍非常简单，事实上，大部分物种从未做过这样的尝试。亲本不同的物种之间，杂交的确发生。例如马和驴的交配，但绝大部分情况下其后代都不能生育。野生的动植物品种的确与亲缘物种共同产生能有繁殖能力的后代，但是其它阻碍加强了繁殖隔离，也许它们生活在不同的区域，被山脉或河流阻隔，这叫做地质隔离。例如，达尔文在加拉帕戈斯群岛上遇见的海龟，相互之间能够交配，但每一种都被局限在自己的生活岛屿上。由于生境不同或繁殖期不同等其它因素，同一地区的物种和亚物种也许会被繁殖隔离。
“进化树形图”。首次出现在达尔文1836年至1844年一本笔记上，当时达尔文正埋头苦思新物种从亲本中分离出去以后如何形成的问题。
目前科学家认为，同一物种的生命体由与共享同一遗传物质，能够相互杂交。遗传研究越来越多地被用来澄清不同物种之间的关系。例如二十世纪八十年代，几个类人猿和人类遗传物质研究小组发现。人类和黑猩猩之间的关系比各自与大猩猩之间的关系密切得多。
繁殖和遗传物质研究也并不总是奏效，生物学早已开始运用行为。颜色、解剖结构、生物龛等特征来区分物种。物种之间的界限也不总是一目了然。有些生场学家被称做聚合分类学家，因为他们力求避免不必要的再次划分，也许会把亚物种归属到主要物种中去；还有一些被称做分解分类学家，他们倾向于条分缕析，划分为更小的群体。
然而，不管观察者是训练有素的科学家还是借助传统知识的猎人，物种的鲜明特征在大部分情况下显然是一致不变的、在新几内亚岛的热带雨林，西方动物学家观察了700多种鸟类，如果没有详细的体态观察，有些物种极难识别。但是随着时间的推移。科学家们惊奇地发现，岛上居民运用鸟类行为和生境的细微差别。轻易而举地将它们区别开来。
补充材料：什么是物种？
达尔文的著述包含大量对物种的说明。这一术语甚至出现在介绍进化论的著作——《物种起源》的书名中。但是，达尔文在《物种起源》中承认，没有人确切知道什么是物种。他写道，“没有一个令所有博物学家都满意的定义，但是每一位博物学家提及物种时，都有一个模糊的概念。”
生物分类学是依据动植物之间的异同点进行归类的科学。物种是它的基本单位。瑞典学者卡洛勒斯·林奈（CarolusLinnaens；1707－1778）以毕生的精力划分动植物，奠定了近代分类学的基础。他把所有生命体划分为两大部分。一个是植物界，另一个是动物界。（现代主物学确立了五个范畴：植物界、动物界、真菌界，另外两个界与微小的单细胞生命体有关。）这些大范畴进一步划分为一系列的小范畴。门、纲、目、科、属、种。生物学家有时添加额外的范畴。例如亚门、亚科、亚种（或变种）。
林奈还创立了双名法，如今这一方法仍然被用来鉴别物种。名宇的第一部分确立生命体的属，或相关的物种群体；第二部分解释它是什么专门物种。例如，豹属（Panthera）包括几种大型猫科动物，例如狮子（PantheraLeo）。有时附加第三个名字以确定它的亚种，比如亚洲狮（PantheraLeoPersica）。
书归正传：什么是物种？显而易见，达尔文和近代生物学家一样。把物种定义为：单一生命体的群落，能够相互交配并繁殖能生育的后代。一类物种与其它物种之间的交配存在许多阻碍。或者像生物学家所说的繁殖隔离。物种之间杂交的最大障碍非常简单，事实上，大部分物种从未做过这样的尝试。亲本不同的物种之间，杂交的确发生。例如马和驴的交配，但绝大部分情况下其后代都不能生育。野生的动植物品种的确与亲缘物种共同产生能有繁殖能力的后代，但是其它阻碍加强了繁殖隔离，也许它们生活在不同的区域，被山脉或河流阻隔，这叫做地质隔离。例如，达尔文在加拉帕戈斯群岛上遇见的海龟，相互之间能够交配，但每一种都被局限在自己的生活岛屿上。由于生境不同或繁殖期不同等其它因素，同一地区的物种和亚物种也许会被繁殖隔离。
“进化树形图”。首次出现在达尔文1836年至1844年一本笔记上，当时达尔文正埋头苦思新物种从亲本中分离出去以后如何形成的问题。
目前科学家认为，同一物种的生命体由与共享同一遗传物质，能够相互杂交。遗传研究越来越多地被用来澄清不同物种之间的关系。例如二十世纪八十年代，几个类人猿和人类遗传物质研究小组发现。人类和黑猩猩之间的关系比各自与大猩猩之间的关系密切得多。
繁殖和遗传物质研究也并不总是奏效，生物学早已开始运用行为。颜色、解剖结构、生物龛等特征来区分物种。物种之间的界限也不总是一目了然。有些生场学家被称做聚合分类学家，因为他们力求避免不必要的再次划分，也许会把亚物种归属到主要物种中去；还有一些被称做分解分类学家，他们倾向于条分缕析，划分为更小的群体。
然而，不管观察者是训练有素的科学家还是借助传统知识的猎人，物种的鲜明特征在大部分情况下显然是一致不变的、在新几内亚岛的热带雨林，西方动物学家观察了700多种鸟类，如果没有详细的体态观察，有些物种极难识别。但是随着时间的推移。科学家们惊奇地发现，岛上居民运用鸟类行为和生境的细微差别。轻易而举地将它们区别开来。
第四章 伟大理论的诞生
1836年10月，贝格尔号停泊在法尔第斯，达尔文匆匆回家，与亲人们幸福地团聚，然后埋头整理旅行带回的资料。这项工作耗时长、难度大，包括770页日记，关于地质学和动物学的长篇笔记，还有数千个鸟类、昆虫、植物和岩石标本。达尔文把动物标本分为鸟儿、昆虫等种类，决定每个类别都邀请最优秀的分类学家，对资料进行详尽的归类和描述。
达尔文早已成为名人，能够获得一些著名博物学家的帮助。几年以来，邮递给亨斯洛的化石和其它标本引起强烈的轰动；同时，亨斯洛将达尔文的来信在博物学好友中传阅，使他们产生了浓厚的兴趣。科学界期望达尔文做出不同凡响的成就。亚当·塞治威克在施鲁斯伯里告诉达尔文母校的校长，说达尔文将成为“欧洲博物学界的一代巨匠”。罗伯特医生得知这一评价，非常高兴。刚一回国，达尔文就受到地质学家查尔斯·赖尔的接见。两人一见如故，很快成为终生好友。年轻地质学家的工作给赖尔留下了深刻的印象，在他的安排下，达尔文加人了伦敦地质学会。在紧随环球航行以后的几年内，达尔文在地质学会宣读了大量学术论文（尽管在公共场合露面他总是怯场），并且就任学会秘书。
显而易见，将环球考察的结果整理以便发表，尚需很长一段时间。同时，查尔斯·达尔文最终也清醒地认识到自己一生的真正目标。进人教会的计划悄悄地销声匿迹，罗伯特医生给儿子提供了足够数额的金钱，使他生活舒适、后顾无忧，全身心地投入到博物学研究中去。长篇巨著——《贝格尔号航行期内的动物志》的出版获得政府资助，达尔文将编纂其中五卷，分别由正在研究他收集的资料的博物学家撰写。达尔文还想写一本书描述航海的经历。在施鲁斯伯里和剑桥住了几个月以后，达尔文在伦敦租了几间房子，以便与科学界，特别是博物学界的同伴呆在一起，然后着手开始工作。
达尔文极不喜欢伦敦，烟尘、污垢和浓雾遮天蔽日，使整座城市黯淡无光，如同达尔文抱怨的那样，仿佛在哀悼“太阳的死亡”。当然，都市的学术明星耀眼夺目。在哥哥拉斯和新朋友赖尔的帮助下，著名数学家查尔斯·巴比奇（CharlesBabbage）家的聚会多次邀请达尔文参加。除了科学界的巨子以外，还包括一些著名作家，如历史学家托马斯·卡莱尔（ThomasCarlyle），他们与时髦漂亮的女士同聚一堂。
地质学的创始人查尔斯·赖尔是达尔文的启蒙导师之一，他未能公开支持达尔文的观点，使后者陷入深深的失望之中。
尽管工作量大而有趣，社交活动繁忙，达尔文开始感到孤独。1838年之前，他开始思考进行一次新的冒险：结婚。达尔文列表详细分析婚姻的优点和缺点。优点包括：有孩子，有人理家，有人做伴——“总比一只狗强”。缺点包括“买书的钱会减少”，最为可怕的是“时间损失”。最后，优点战胜了缺点，达尔文开始追求表姐爱玛·韦奇伍德。爱玛接受了他的求婚，1839年1月，两人步人了婚姻的殿堂。
达尔文的结婚决定，看起来似乎冷酷无情。但毫无疑问，两人深爱着对方，在一起非常幸福，是非常合适的一对：达尔文需要一个人来照顾；爱玛性格活泼、感情细腻，乐于无微不至地关心丈夫。两人的结合是达尔文家族和韦奇伍德家族表亲结婚其中的一对，进一步密切加深了两个家族之间的关系。作为陪嫁，乔赛亚·韦奇伍德二世给小两口金钱数目可观，再加上罗伯特·达尔文给的一大笔钱，确保达尔文和他的�