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。佟振宇：《日军侵华与细菌战罪行录》，第18页。从此，石井开始了细菌战研究的罪恶历史。回国后，石井一边担任传染病学的教师，一边利用教学实验室秘密进行细菌武器研究，并得到了一批日本军国主义分子的赏识。于是，他开始青云直上，飞黄腾达。
1931年，日军发动“九·一八”事变后，军国主义分子的侵略野心更加恶性膨胀。战争狂热达到了极点。与此同时，石井四郎研制细菌武器的主张也更得到日本政府、军部及一批军国主义分子的大力支持。他们丧心病狂，置国际公法、人道主义于不顾，提出了进行细菌战活动的计划，并上报日本天皇。日本天皇批准了这个计划。1932年8月，日本军部根据天皇的敕令， 晋升在东京若松町的陆军军医学校担任“军阵防疫”教官的石井四郎为军医正（少佐），并配备5名助手， 组建了“细菌研究班”，对外称“防疫研究室”。从此，石井四郎便在“防疫”之名掩护下，正式开始从事细菌战的罪恶活动，并亲自参与和指挥了日本进行的每一个重大行动，犯下了累累罪行。
1933年，日本陆军参谋本部批准，耗资20万日元，将“防疫研究室”扩建为“防疫研究所”。这个研究所在石井四郎的主持下，并按照他的“军事医学不仅仅是医疗和预防，真正的军事医学其目的在于进攻”《东京是细菌战的中心》，《赤旗报》1950年2月8日。的反动理论，从事霍乱菌、伤寒菌、鼻疽菌、瓦斯坏疽菌的培养、使用和防疫方法的研究，石井四郎还将其称为日本“制造军火工厂的楷模”。《东京是细菌战的中心》，《赤旗报》1950年2月8日。
二731部队的建立及其机构
1933年８月，日本开始在中国东北建立大规模的细菌战基地，加紧研制多种细菌武器，使用活人进行室内和野外的实验，从而使日军的细菌战活动发展到了大规模实验的阶段。
1祸移中国东北
随着日军侵略战争的不断扩大，石井四郎的细菌战活动也更加疯狂。他向陆军大臣荒木贞夫递交了一份报告，说“由于军部不断指导和鼓舞，使得以石井中佐为首的细菌研究班，对于细菌武器的研究，迅速地得到了一定的成绩。现在，我们感到，对细菌武器的研究，是必须加以实验的时候了。我们要求军部，把我们全体调到满洲，使我们用来维护皇军的细菌武器得以高度的发展。”
第五部分：血腥屠杀——关东宪兵队及其暴行关东军第731部队罪恶（2）
军部批准了这个报告，决定在中国东北建立细菌战基地。这个决定，用心是险恶的，其理由：一是在东北容易获取细菌战实验的材料；二是东北靠近苏联，气候等自然环境也相仿佛，可直接对其实施细菌战，符合“北进”的战略需要。因此，1933年8月， 在哈尔滨市的南岗宣化街和文庙街的中间地带秘密设立了一个新的细菌战基地，即“石井部队”，其化名为“加茂部队”，对外也称为“关东军防疫给水部”。与此同时，在距哈尔滨70多公里以外的五常县背荫河还附设了一个细菌实验场。
当时，石井部队下设两个部（又称大队），一个是总务部，一个是研究部。研究部分为两个中队，一是从事防疫给水研究及其设备制造的“南栋中队”，队址在本部院内；二是从事细菌研究及其实验的“交通中队”，队址在背荫河。
石井部队本部驻地在日本陆军第七医院的南院，因此这里称之为“南栋”。“南栋中队”在医院的掩护下，秘密研究、生产石井四郎发明的“石井式”滤水器。“交通中队”的驻地背荫河，在五常县境内拉（拉法）滨（哈尔滨）铁路线上。“九·一八”事变后，关东军很快占领了背荫河，并将该地选为细菌战实验基地。经伪满政权批准，强行将该地48户人家赶走，建立起特别军事区域。佟振宇：《日军侵华与细菌战罪行录》第34页。它由日军大尉中马管辖，因此称之为“中马城”。其四周筑有高墙、电网、炮楼、护城壕，并有重兵把守，警戒森严，与世隔绝，极端秘密，像一座关押要犯的监狱，所以，人们又叫它“东满大狱”。
在这里，石井部队曾用活人进行惨无人道的实验，残害中国军民。据东北抗日联军负责人之一的冯仲云在《东北抗日联军十四年奋斗简史》一书中揭露：中马城里关押的人都是日伪当局从中国东北各“矫正院”、收容所秘密押运来的。在牢房里戴着手铐、脚镣，没有人身自由。他们经常被提押出去，提押出去之后就很少能回到牢房了。当监号里的人减少后，又有新的犯人补充进来。其实，那些提押出去的人是被关进了地下室，并分别绑在墙壁的铁钩子上，由身穿白大褂的日本军医用粗大的针管强行从他们的动脉血管里抽血。其中，有的人由于抽血过多，身体衰弱，失去了使用的价值，就被骗出去，用斧头砍死；或以治病为名，给其注射一种剧毒药物害死。这些被残害的人都由专门人员秘密拖到炼人炉焚烧。焚烧后，骨灰也就地埋掉，不准留下一点痕迹。这个焚炉由石井四郎的二哥石井刚男（当时化名细谷）负责。
1933年，时任关东军参谋的日军中佐远藤三郎（后任关东军副参谋长）在背荫河视察时看到了使用活人实验的情况。他在日记中写道：“被试验者一个一个严密地关在栅栏里，把多种病原菌移植于人体内，观察其病情的变化。”《将军的遗言——远藤三郎日记》，《黑龙江文史资料》，第24辑，第222页。在其11月16日的日记中对此做了更详细的记载：“按第二班担当毒气、毒液测验和第一班负责电气试验的分工，分别对各两名‘共党匪’进行实验。使用炭酰氯在毒气室进行5 分种的试验，引起严重肺炎者，迄至昨日依然生存；而被注射15毫克氰酸化合物者，约20分钟后即失去知觉。对用2万伏高压电流进行多次试验者，仍未使其致死， 最后注射毒液终将其杀死；第二个人，通过以5千伏高压电流反复试验， 并未使其致死，最后通电流数分钟，终将其烧死。”《将军的遗言——远藤三郎日记》，《黑龙江文史资料》，第24辑，第217页。当时任关东军副参谋长的冈村宁次也写道：“因使用了活人代替旱獭动物，当然会取得良好的效果。”“特别是在冻伤治疗方面，获得在摄氏37℃热水中浸泡是最好的结论，这是根据对活人进行生、杀、再生的宝贵试验而取得的结果。”《冈村宁次资料》，转引自《黑龙江文史资料》，第221页。
1933年中秋节夜晚，被关押在中马城中的30多名囚犯暴动越狱，其中王子扬等12人幸存，投奔了抗日联军。因此，石井部队在背荫河“中马城”进行细菌战实验的秘密暴露了。东北抗日联军第三军多次对它进行了袭击。石井四郎在其细菌试验准备工作发生一次大挫折《将军的遗言——远藤三郎日记》，《黑龙江文史资料》第24辑，第216页。的情况下，将“中马城”拆毁，迁往“南栋”。
2新魔窟平房
在“中马城”的囚犯越狱事件发生不久，石井四郎就向日军参谋本部提出了迁移扩大石井部队的计划。这个计划适应了日军对外侵略、扩张政策的需要。1936年，日军参谋本部根据天皇的敕令，在中国东北建立起两支特种部队：一是在距哈尔滨市区20公里的平房镇设立“石井部队”，即“满洲第731部队”对外称“关东军防疫给水部”；一是在长春孟家屯设立的“若松部队”，即“满洲第100部队”，对外称“关东军兽疫预防部”。对于日军建立部队， 进行细菌战及其与日本天皇的关系问题，日本细菌战犯们是供认不讳的。据原日本关东军司令部医务处长、中将隆二交代，“第731部队是奉日本天皇裕仁1936年敕令建立的”，“这道敕令曾印成多份分发到日军各部队，以便使全体军官一体知悉”。隆二受审记录摘录，《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，第107页。731部队第四部（生产）部长、军医少将川岛清也供称：“1935～1936年间， 已由日本参谋本部和陆军省按照天皇裕仁诸次密令，在满洲境内成立有两个用来准备和进行细菌战的极端秘密部队活动。”起诉书，《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，第107页。迁移和扩大石井部队的计划被批准后，日本关东军便在平房火车站以北4 公里的地方，即三家子、黄家窝堡、刘家窝堡、正黄旗五屯、正黄旗头屯、正黄旗三屯等6个村屯中间地带进行地质、水文勘测，并圈定了6平方公里的军事用地。并且，按照5公里之内不准有中国居民居住的规定，将距其不足25公里的黄家窝堡4 个村屯划为强迁之列。为此，伪哈尔滨警察局香坊警察署平房驻在所贴出告示，限村民一个月内迁出，逾期不迁，民房除由日本军队留用之外，其余全部拆除和烧毁，损失自负，违抗者以“法”论处。强迁民屯，霸占良田，给平房中国居民造成很大灾难。据调查，以上村屯被强迁546户；拆除和占用民房1638间，霸占良田610垧。 日本侵略者就这样把中国人民世代居住的家园变成了屠杀中国人民的细菌战基地。在新魔窟的“国防道”之外，又设立了“国境地带”，范围包括21个村屯，占地面积3224平方公里。如果再将方圆30公里的军用仓库，机场设施算在内， 整个哈尔滨南郊几乎成了新魔窟的属地。佟振宇：《日军侵华与细菌战罪行录》第64页。
第五部分：血腥屠杀——关东宪兵队及其暴行关东军第731部队罪恶（3）
1936年初，石井部队开始了大规模的营建，相继修筑了本部大楼、实验中心大楼（四方楼）、特设监狱和水源地、供水室、火力发电厂、铁路专用线、专用机场、物资仓库、锅炉房等附属设施以及宿舍、神社、广场、运动场、花园、医院、学校等生活设施。1938年6月，石井部队本部及大部分人员、设备迁至平房。于是，这里成了世界上规模最大、设施最完备的细菌战基地。它拥有庞大的研究、生产、实验机构和3000多名人员，年经费1000万日元以上，具有大量的先进设备和设施。其中，孵育器4500具，几天内就可生产3万万亿细菌及传染媒介物。 其规模和能力远远超过了法西斯德国秘密设立的“波兹南细菌学研究院”。所以，连日本关东军司令官山田乙三视察该地之后都说：“那里制造细菌武器的研究工作与生产活动之巨大规模，竟使我极端惊异。”山田乙三受审记录摘录，《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，第91页。
打着“关东军防疫给水部”招牌的石井部队本部移驻平房后，对外名称也由“加茂部队”改为“东乡部队”， 番号为“满洲第六五九部队”。1941年，启用“满洲第731部队”番号。1945年5月， 又将其番号改为“满洲第二五二二部队”。为了便于叙述，以下均使用“731部队”这一简称。 由于731部队是日本最大的一支进行细菌战的特种部队，有着不可告人的特殊的职能和重要的战略作用，所以，日本关东军对它采取了极为严格的保护措施。
1938年6月30日，日本关东军司令部发布了第1539号命令， 将731部队营区周围大约40个村屯、120多平方公里的地域划定为“特别军事区”。 “特别军事区”内的“甲号地段”为特别控制的“无人区”，不准中国人居住；在它的周边设立了界牌，上面写着“非特别军事区域内的人，未经批准不得入内，如有违者，依法论处”。拉滨线上的火车通过这个区段时，必须在前站放下窗帘，严禁旅客向车外张望。包括日本空军在内的任何飞机都不得飞越其上空，如发现违航者，可强迫着陆，否则予以击落。
不仅如此，731部队在日本侵略军中还占有特殊的地位。军部对其实行双重领导。它在序列上属于关东军，关于细菌武器的生产，使用等有关问题都由关东军司令官负责。在司令部内设有专门委员会，主席由参谋长担任，全面协调731部队的各种活动，行政指导部门是关东军司令部第1部（作战），业务主管部门是关东军军医处，1939～1945年，军医处长一直由细菌战的积极鼓吹者和支持者隆二担任。同时，731部队的最终决策权属于日本参谋本部。其所需科研人员、设备、原料等都由参谋本部直接掌管，细菌战的研究、生产及其成果等，均由关东军上报给参谋本部（或大本营）最后裁定。它的配备也与其他部队不同，人员级别高、机构庞大、设施先进。其中，有中将1名，少将4名、校官（佐级军官）80余名、判任官（委任官）和技师300 余名。731部队堪称日军中开支最大，待遇最优厚，学者最多，技术力量最强的部队，除部队自身的专家外，满洲医科大学等科研机构的许多学者、专家也无一不在其收罗之中。
731部队的部队长，1936年至1942年7月为石井四郎少将（后晋升为中将）；1942年8月至1945年2月为北野政次少将；1945年3～8月为石井四郎中将。731部队本部下设8个部。另外，还管辖设在孙吴、海拉尔、牡丹江、 林口等地的4个支队和设在大连的1个研究所。
8个部如下。
第一部为细菌研究部，北川大佐、菊地少将等曾任部长。第一部的主要任务是研究细菌战所需各种细菌的特性和培养、制造、使用等方法，以及实验（包括对人体实验）。该部下设从事鼠疫菌研究的“高桥班”、从事病毒研究的“笠原班”、 从事细菌传染媒介物——昆虫研究的“田中班”、从事冻伤研究的“吉村班”、从事赤痢研究的“江岛班”、从事霍乱研究的“凑班”、从事病理研究的“冈本班”和“石川班”、从事血清研究的“内海班”、从事伤寒研究的“田部班”、从事结核研究的“二木班”、从事药理研究的“草味班”、从事立克次氏体（包括跳蚤）研究的“野口班”、从事细菌对人传染适应性研究的“川上班”。
第二部为细菌实验部，初由太田澄大佐任部长。第二部的主要任务是， 在野外条件和战斗环境下，实际检验由第一部研制出的细菌的使用效能，并制造相应的细菌战等细菌武器。这个部除用动物和活人进行细菌实验外，还通过“八木泽班”从事植物病毒研究和传染试验；设置了“石井”动物饲养班和培殖细菌传染媒介物的分部；在正黄旗三屯西南城小沟设立了临时实验场，在安达镇东35华里的鞠家窑附近设置了靶场；还有为细菌实验服务的“航空班”、“无线电班”和“气象班”。
第三部，为防疫给水部，江口中佐任部长。这个部设在哈尔该市内的原“加茂部队”的旧址“南栋”。731部队本部迁往平房后，它改为第三部。其任务是负责关东军所属各部队的用水检查和消毒事项。它辖有滤水器制造厂和在哈尔该西郊杨马架子的秘密生产土陶瓷的“石井式”细菌弹壳制造厂；以及在平房的各类细菌武器的研制场所。
第四部，为细菌生产部，川岛清少将任部长。第四 部是名副其实的细菌生产工厂，经过研制，实验所取得的效果，都在这里进行培养和生产。该部初期设4 个生产课，1943年合并为两个分部。每个分部按照各自的分工独立进行多类细菌的制造，由柄泽班、有田班、朝北奈班和山口班完成从细菌繁殖到细菌武器装配的全套工序。其每月生产能力为培养各种细菌200～300公斤。
总务部，部长初期由中留中佐担任，后期由太田澄大佐担任。该部是731部队的中枢部门，权力很大，不仅负责整个部队的文秘、人事、财务、计划、后勤和劳工管理等工作，还负责与宪兵队联系和接收供细菌战实验使用的囚犯。它下设调查课，包括秋贞班、调查班、庶务班、兵要地志班、照明班、印刷班、电报室、图书室、邮政所；管理课，包括劳务班、工务班、建设班；庶务课，包括动力班、酒保、食堂、宿舍等；还有人事课、会计课、企画课、标本陈列室。其中，劳务班是管理、监督、调配中国劳工的机构。731部队从营建开始，日伪当局就从哈尔滨、阿城、海伦、佳木斯、牡丹江以及锦州、大石桥、海城等地强征和招骗了一批又一批劳工，在这里从事奴隶般的劳役。据调查， 在731部队盘踞平房的9 年间， 强征来的劳工达5000余人。在它的种种非人虐待和残酷迫害之下，除2000名本地劳工幸存外，其余3000多名外地劳工基本上都悲惨地死在这个魔窟里了。
第五部分：血腥屠杀——关东宪兵队及其暴行关东军第731部队罪恶（4）
训练教育部，部长初期由园田大佐担任，后期由西俊英中佐接任。它是专门培训从事细菌研究、实验生产和使用细菌武器人员的部门。下设卫生兵教育队、特种人员训练队、少年队等。据西俊英供述，自1944年以后， 每年都要为关东军部队至少要培养300名善于使用细菌武器的专门人才。前陆军审判材料。
器材供应部，部长由大谷少将担任。它除了负责生产细菌武器的各种器材、设备的贮存与供应外，还担负着实验动物的运输及各类菌苗、疫苗的贮存任务。下设第一、第二仓库和兵器库、菌苗库、血清库等。
诊疗部，部长由永山大佐担任。它负责日本人的疾病预防和治疗；设有诊疗室，日本军人家属医院等。佟振宇认为，诊疗部不是治疗一般疾病的部门。它是为在培植细菌过程中，不慎感染细菌的人进行抢救而设立的。因此，在魔窟内即使是日本人也要写保证书，保证将遗体交总部“处置”。佟振宇：《日军侵华与细菌战罪行录》第92页。
另外， 还有一个与各部平行的管理监狱的“特别班”由石井四郎的二哥石井刚男掌管。
德国侵苏战争爆发以后，德、意、日3国结成同盟，日本企图建立所谓“大东亚新秩序”。基于这一战略目的，它进一步加紧细菌战的准备。1940年12月2日，日本天皇裕仁又发布了敕令， 要求在进攻苏联的